Filho de pai polaco e mãe alemã, nasceu em Varsóvia a 18 de fevereiro de 1939. Marek Janowski cresceu com a mãe em Wuppertal, perto de Colónia, enquanto o pai esteve desaparecido em combate durante a Segunda Guerra Mundial. Completou os seus estudos musicais em Colónia e estudou direção com Wolfgang Sawallisch, antes de aperfeiçoar os seus conhecimentos em Siena. A sua carreira, que começou como maestro assistente em Aachen, Colónia e Düsseldorf, continuou como maestro principal da Ópera de Colónia e da Ópera de Hamburgo (1969-1974), depois como diretor musical em Freiburg (1973-1975) e Dortmund (1975-1979), tanto para a Ópera como para a Orquestra Filarmónica. Em 1980, fez a primeira gravação digital do Anel dos Nibelungos de Wagner com a Staatskapelle de Dresden, antes de assumir o cargo de maestro da Orquestra Filarmónica Real de Liverpool (1983-1987). Nomeado maestro principal da Orchestre philharmonique de Radio France, onde trabalhou de 1984 a 2000, Marek Janowski trabalhou também com a Orquestra Gürzenich em Colónia de 1986 a 1990. Entre 1992 e 1997, o maestro alemão foi também responsável pela Orchestre français des jeunes musiciens, da qual foi conselheiro musical. Dirigiu a Filarmónica de Monte-Carlo (2000-2005) e a Filarmónica de Dresden (2001-2003) quase em simultâneo, seguindo-se a Filarmónica da Rádio de Berlim (2003) e a Orchestre de la Suisse romande (2005-2012), antes de regressar a Dresden para o período 2019-2023. Para além das suas sucessivas funções, Janowski foi chamado a alternar com outros dois maestros para dirigir a Orquestra Sinfónica de Pittsburgh de 2005 a 2008. Dividido entre obras sinfónicas e ópera, Marek Janowski dirigiu as sinfonias completas de Bruckner em Pittsburgh, seguindo-se uma nova apresentação do Anel de Wagner, desta vez em público, com a Orquestra Sinfónica da Rádio de Berlim. Na ópera, após a sua estreia em Les Diables de Loudun de Penderecki em 1970, gravou Euryanthe de Weber (1974), Der Freischütz (1994) e Oberon (1997) do mesmo compositor, A Mulher sem Sombra (1976) de Richard Strauss, Mozart e Salieri (1982) de Rimsky-Korsakov, Der Diktator (2004) de Krenek, O Castelo do Barba Azul (2006) de Bartók e Um Baile de Máscaras (com Freddie De Tommaso, 2023) de Verdi.
