Mike Scott est natif d'Édimbourg, en Écosse. C'est là qu'il fait ses débuts avec le groupe The Red and the Black et des essais en solo. C'est finalement sous le nom The Waterboys qu'il sort en 1983 ses premiers titres, issus aussi bien de son travail personnel que de compositions du groupe. L'album The Waterboys est alors rattaché au courant big rock (ou rock héroïque) de l'époque, prônant un retour à un gros son rock, en opposition aux poses new wave. The Waterboys et son tube radio « A Girl Called Johnny » se retrouve alors aux côtés de The Alarm, Big Country ou le U2 des débuts.
The Waterboys est destiné à servir le propos artistique de Mike Scott, plus de cinquante musiciens participant à la saga du groupe. Le multi-instrumentiste AnthonyThistlethwaite, le batteur Kevin Wilkinson et Roddy Lorimer aux cuivres sont ses plus fidèles compagnons. Guy Chambers, Jay Dee Daugherty, Sharon Shannon ou Ian McNabb font des apparitions plus ou moins marquantes au fil de trente ans de carrière. Le deuxième album, A Pagan Place, paru en 1984, contient le titre « Big Music » qui achève de classifier le son de The Waterboys.
En 1985, The Waterboys sort l'album This Is the Sea qui consacre Mike Scott parmi les grands singers-songwriters de la période. L'album se taille en outre un vrai succès public malgré les réticences de Mike Scott à user de la promotion de masse. Déjà présentes sur les trois premiers albums, les racines celtiques de The Waterboys sont en première ligne sur Fisherman's Blues (1987), autre grand album du groupe écossais. Enregistré en Irlande, Fisherman's Blues participe grandement au renouveau du rock celtique aux côtés d'albums de The Pogues ou Dexys Midnight Runners.
En 1990, Room to Roam est la première déception du groupe semblant quelque peu patauger à cette époque. Cette impression est confirmée par une instabilité accrue des membres du groupe et l'erreur de casting de Dream Harder (1993), lorgnant vers le hard rock. Il est alors temps pour Mike Scott d'assouvir ses envies solo avec Bring 'Em All In (1995) et Still Burning (1997). Il ne faut que trois années supplémentaires pour qu'il utilise à nouveau le nom The Waterboys.
Abordé timidement avec A Rock in the Weary Land, ce retour est embelli par la sortie en 2002 de Too Close to Heaven, constitué de titres datant de la période Fisherman's Blues. En 2003, Universal Hall est plus confus et ne reste pas dans les mémoires. Mike Scott et The Waterboys n'en continuent pas moins de tourner et sortent en 2005 le premier album live officiel du groupe, Karma to Burn. En 2007, Book of Lightning voit Mike Scott revenir à un rock plus incisif, avant d'ouvrir à nouveau les archives de The Waterboys en 2011. Constitué de démos voix et piano des séances de This Is the Sea, In a Special Place met en lumière l'écriture exceptionnelle de Mike Scott, personnage majeur du rock écossais et celtique. Quelques mois après sort l'album original An Appointment With Mr. Yeats, hommage au poète anglais.
De retour en 2015 après avoir fêté ses trente années d'existence, The Waterboys avance un onzième album très rock intitulé Modern Blues et accompagné de l'extrait « November Tale ».
