Pedro Ayres Magalhães (guitare) et Rodrigo Leão (claviers) forment Madredeus en 1985 à Lisbonne. Ils sont rejoints en 1986 par Francisco Ribeiro (violoncelle) et Gabriel Gomes (accordéon). Teresa Salgueiro (chant) vient compléter le groupe, et Madredeus enregistre en 1987 Os Dias da Madredeus. Le nom du groupe vient du quartier de Madredeus à Lisbonne, où il a enregistré ce premier album.
Madredeus devient immédiatement un phénomène au Portugal, tant le groupe réinvente alors la musique folklorique portugaise. Existir en 1990, avec le titre « O Pastor », permet à Madredeus d'effectuer une première incursion hors de ses frontières, en Belgique plus précisément. Le mouvement s'accélère en 1994, après la sortie de O Espirito da Paz. Madredeus se rend alors en Espagne, au Brésil et en Asie.
Repéré par le cinéaste Wim Wenders, Madredeus se voit confier la réalisation de la bande son de son film Lisbon Story, sous le titre Ainda. Le groupe lisboète atteint alors son zénith. L'album O Paraiso en 1997 lui permet de rentrer pour la première fois dans les meilleures ventes françaises. Cette période marque également un important renouvellement au sein de Madredeus, avec les arrivées de José Peixoto (guitare) et le départ deRodrigo Leão, Francisco Ribeiro et Gabriel Gomes.
Avec Movimiento en 2001, Madredeus accentue un virage vers un son electro, aux confins de l'ambient. Um Amor Infinito (2004) et Faluas do Tejo (2005) marquent un tassement de la popularité de Madredeus. Le groupe s'accode alors une pause, avant de se trouver réduit au duo Pedro Ayres Magalhães et Carlos Maria Trindade (claviers). Plutôt que de chercher de nouveaux membres, Madredeus crée alors le groupe A Banda Cosmica, chargé de l'épauler.
C'est cette double formation qui sort les albums Metafonia en 2008 et A Nova Aurora en 2009. Rentré dans le rang et concurrencé par des groupes comme Gotan Project, Madredeus marque le réveil de la musique portugaise de ces trente dernières années. Loin de l'image figée du fado.
