Originaire de Virginie où il naît en 1962 et grandit dans une famille de mineurs, Mark Linkous fonde le groupe Dancing Hoods dans les années 1980.
A la faveur d'une rencontre avec David Lowery, leader de Cracker, il participe à l'album Kerosene Hat en 1993 et forme Sparklehorse deux ans plus tard. En 1996, le groupe d'un seul homme (entouré de collaborateurs ponctuels comme le batteur Scott Minor) est vivement salué par la critique spécialisée qui, de Spin aux Inrockuptibles, considère que l'album Vivadixiesubmarinetransmissionplot comme l'un des joyaux méconnus du rock lo-fi américain.
La même année, alors en tournée avec Radiohead, Mark Linkous frôle la mort dans sa chambre d'hôtel à Londres après une forte ingestion de valium et d'anti-dépresseurs, restant inconscient pendant quatorze heures. Hospitalisé, il ressort en chaise roulante dans laquelle il reste six mois. Sa lente convalescence le conduit à la création de l'album Good Morning Spider en 1998, avec la participation d'un autre grand songwriter dépressif, Vic Chesnutt.
Trois ans plus tard, l'ironique It's a Wonderful Life, troisième opus de Sparklehorse co-produit par Dave Fridmann et John Parish, accueille entre autres PJ Harvey (« Piano Fire »), Adrian Utley (Portishead), Tom Waits et Nina Persson (The Cardigans). Le suivant et excellent Dreamt for Light Years in the Belly of a Mountain, édité en décembre 2006, réunit quelques habitués ainsi que le DJ Danger Mouse. Entre temps, Mark Linkous collabore à la musique du film Laurel Canyon et à l'album Fear Yourself (2003) de Daniel Johnston.
A l'automne 2009, Mark Linkous, Danger Mouse (Brian Burton) et le réalisateur David Lynch élaborent le projet multimédia Dark Night of the Soul qui, pour des raisons juridiques, ne voit finalement le jour que sur internet. Au même moment sort un autre projet, l'album In the Fishtank, réalisé avec l'artiste et musicien Christian Fennesz.
Le 6 mars 2010, Mark Linkous décide de mettre fin à ses jours, mettant ainsi un terme à l'aventure Sparklehorse et laissant derrière lui une oeuvre unaniment saluée et de grande influence.
