Ballaké Sissoko est né en 1967 à Bamako (Mali). Fils du virtuose de la kora Djelimady Sissoko, il reprend dignement la lourde succession malgré le souhait de son père et devient à son tour griot.
En 1981, à peine âgé de 13 ans, il recrée l'Ensemble Instrumental du Mali fondé par son père et joue avec son cousin Toumani Diabaté. Après cette expérience, Ballaké Sissoko accompagne la chanteuse Kandia Kouyaté en tournée à travers le monde et collabore avec Ami Koïta. Il réalise un premier disque solo sur le label français Cinq Planètes.
Ballaké Sissoko retrouve Toumani Diabaté pour l'album Nouvelles Cordes Anciennes (1999, en référence au premier album de kora publié par son père en 1970) et crée le groupe Mandé Tabolo avec son épouse, la chanteuse Mama Draba, Fasséry Diabaté (balafon), Adama Tounkara (n'goni) et Aboubacar Dembelé (bolon). Les albums Déli (2000) et Tomara (2005) paraissent sur Label Bleu.
Musicien autodidacte avide de découvertes musicales, Ballaké Sissoko joue également avec Taj Mahal et enregistre l'album Diario Mali (2003) avec le compositeur italien Ludovico Einaudi. À l'automne 2009, il accorde son art à celui du violoncelliste Vincent Segal, connu au sein du duo Bumcello, sur Chamber Music. Les deux hommes se retrouvent sur l'album At Peace, crédité à Ballaké Sissoko, dont les pièces en solo ou en quintette sont produites par le Français. La collaboration en duo se renouvelle en 2015 avec la sortie de Musique de Nuit, avec la participation de Babani Koné sur « Diabaro ».
