C'est à Accrington, dans le Lancashire, qu'est né John Roy Anderson le 25 octobre 1944.
Fils d'un Écossais et d'une mère aux ascendances irlandaises, il se passionne très tôt pour la musique et forme dès l'adolescence sa première formation, Little John's Skiffle Group, où il joue du washboard. Après avoir quitté l'école pour exercer divers petits boulots, il fonde The Electric Warriors, devenu The Warriors, puis The Gun et enfin en 1968 le groupe du bassiste Chris Squire et du guitariste Peter Banks, Maybel Greer's Toyshop, qui devient Yes avec le batteur Bill Bruford et l'organiste Tony Kaye.
Commence alors une liaison d'allers et venues de quatre décennies à la tête de l'un des fleurons du rock progressif. Chanteur à la voix haut perchée, aérienne et mélodique, Jon Anderson participe aux huit albums de l'âge d'or des années 1970 avant de faire ses valises une première fois en 1980, afin de se consacrer au duo à succès qu'il forme cette année là avec Vangelis. Jon & Vangelis produit les albums Short Stories (1980), The Friends of Mr. Cairo (1981) et Private Collection (1983), sorti après le troisième album de Jon Anderson, Animation (1982), d'une carrière solo commencée avec Olias of Sunhillow (1976) et Song of Seven (1980).
En 1983, le chanteur rejoint Yes pour les albums 90125 et Big Generator, avant de déserter à nouveau pour former, le temps d'un album et d'une tournée, le projet dissident Anderson, Bruford, Wakeman, Howe. De retour au sein de Yes nouvelle génération en 1990, il quitte définitivement le groupe en 2008 après l'enregistrement de sept autres albums studio. Parallèlement, il n'a cessé de multiplier les apparitions sous son nom avec les albums 3 Ships (1985), In the City of Angels (1988), Deseo et Change We Must (1994), Angels Embrace (1995), Toltec (1996), The Promise Ring et Earth Mother Earth ( 1997) et The More You Know (1998). En 2011 suit Survival & Other Stories, après l'album d'Anderson et Wakeman, The Living Tree (2010). En 2015, il fait équipe avec le violoniste Jean-Luc Ponty pour le projet Anderson Ponty Band pour l'album Better Late Than Never, puis enchaîne par une collaboration avec le guitariste Roine Stolt (Flower Kings), pour l'album en commun Invention of Knowledge.
En outre, depuis sa participation à l'album Lizard (1970)de King Crimson, Jon Anderson a prêté sa voix d'ange à nombre de productions amicales, que ce soit pour Iron Butterfly, Vangelis, Alan White, Mike Oldfield, Rick Wakeman, Tangerine Dream, Toto, Kitaro, Milton Nascimento, Béla Fleck, The Fellowship, Dream Theater, Jeff Pevar, ou des bandes originales de films.
