Son père Pierre Louise, d'origine martiniquaise, dirige un orchestre. Eddy Louise étudie le piano classique à l'âge de 5 ans (1946) puis le vibraphone et la trompette. Il joue occasionnellement dans l'orchestre de son père (1954), participe aux tournées en famille.
En 1957, il est musicien dans l'orchestre de son père, fréquente les clubs de jazz de Paris (Le Chat qui Pêche, Le Caméléon), étudie au conservatoire le solfège et l'harmonie (1961-1963). En 1961, la chanteuse Mimi Perrin lui propose de collaborer avec le groupe des Double Six qu'elle a constitué en 1959.
Il enregistre comme chanteur avec Quincy Jones, Dizzy Gillespie, Bud Powell, Dizzy Gillespie et les Double Six, en 1963. Après son service militaire, Eddy Louiss mène une double activité de musicien de jazz et de variété. Il accompagne pendant treize ans le chanteur Claude Nougaro (1964-1977). En 1964, il se met à l'orgue et monte en 1966 le HLP avec Daniel Humair et Jean-Luc Ponty. Se succède alors une série de formations avec de prestigieux musiciens tels Kenny-Clarke, Aldo Romano, René Thomas, Johnny Griffin.
La grande notoriété d'Eddy Louiss lui permet (chose relativement rare) de se produire aux États-Unis à l'Apollo de New York (1970). Il monte un quartette avec Stan Getz (l'album Dynasty, 1971), se trouve à la direction d'un big band pour accompagner le chanteur Henri Salvador (1982). En 1986, il crée autour de son orchestre Multicolor Feeling une fanfare de cinquante musiciens. Depuis, ce sont les duos avec Michel Petrucciani que l'on retient (Conférence de Presse Vol.1 et 2 chez Dreyfus). Avec Eddy Louiss, homme universel de la musique, toutes les fusionssont bonnes. Il y met tous les ingrédients du jazz, du gospel et dublues en passant par le calypso ou le mambo.
Dans son album Récit Proche, sorti en janvier 2001, l'organiste choisit de s'entourer de nouveaux colaborateurs, dont le batteur et percussioniste Paco Séry. Toujours actif, le créateur du label Tempo 111 enregistre un hommage à Nougaro (2004) puis organise son florilège D'un Jour à l'Autre (2009) avant un dernier enregistrement, Tauroque (2010). Amputé de la jambe gauche à la suite de complications artérielles, Eddy Louiss décède le 30 juin 2015 après une opération, à l'âge de 74 ans.
