Fils d'un architecte, William Christie voit le jour à Buffalo (État de New York) le 19 décembre 1944. Musicien précoce, il tient sa passion de sa mère qui l'enrôle dans la chorale qu'elle dirige. Les études deviennent prioritaires pour l'adolescent qui ressort diplômé en histoire de l'art de l'Université de Harvard.
Entre 1966 et 1970, William Christie poursuit par un master en musique à l'Université de Yale où il a pour professeurs le claveciniste renommé Ralph Kirkpatrick et Kenneth Gilbert. L'année suivante, refusant de partir en guerre au Vietnam, il s'installe en France dans l'espoir de faire redécouvrir ce pan culturel méconnu qu'est le répertoire baroque. Membre des Five Centuries entre 1971 et 1975 et du Concerto Vocale de René Jacobs entre 1976 et 1980, le claveciniste et chef d'orchestre américain nourrit d'autres ambitions, comme celle de créer son propre ensemble, ce qu'il ne tarde pas à faire avec Les Arts Florissants (un nom emprunté à un opéra de Marc-Antoine Charpentier) en 1979.
La formation spécialisée dans la promotion et la redécouverte de la musique ancienne et de l'ère baroque va s'employer grâce à son persévérant directeur à rendre leurs lettres de noblesse à des oeuvres tombées dans l'oubli, pourtant dues à des compositeurs de renom tels Lully, Rameau, Charpentier et beaucoup d'autres. Les Arts Florissants sera aussi un tremplin pour des musiciens comme Marc Minkowski, Christophe Rousset, Hugo Reyne ou Hervé Niquet.
Professeur au Conservatoire national supérieur de musique de Paris depuis 1982, William Christie obtient le Prix Edison en 1981, le Grand Prix du disque en 1982 et le Gramophone Record of the Year en 1984. Cependant, c'est avec la reprise de l'opéra Atys de Jean-Baptiste Lully en 1987 à l'Opéra-Comique de Paris qu'il est reconnu à grande échelle. Pendant qu'Atys part en tournée mondiale, le disque triple reçoit le Grand Prix de l'Académie Charles-Cros, le Grand Prix de la Critique et le Prix Opus aux Etats-Unis. D'autres oeuvres sont intimement liées à sa réussite, telles que le Te Deum et les Motets et Psaumes de Charpentier, Un Concert Spirituel de Monteverdi ou l'opéra Orlando de G.F. Haendel.
Reconnu comme une sommité de la musique baroque, William Christie est l'invité de nombreux festivals, de Zürich à Glyndebourne, et se voit confier les clés d'autres orchestres comme celui de l'Âge des Lumières ou le Philharmonique de Berlin (à l'invitation de Simon Rattle). Naturalisé français en 1995, il crée en 2002 avec Kenneth Weiss et Paul Agnew, le Jardin des Voix, un projet pédagogique destiné à la formation de jeunes chanteurs.
Le chef franco-américain, administrateur de la Cité de la Musique depuis 2006, est élu le 12 novembre 2008 à l'Académie des Beaux-Arts. Cet amoureux du patrimoine français est aussi le créateur du domaine des Jardins du Bâtiment à Thiré, en Vendée, où il réside. Il n'en continue pas moins d'enregistrer et de tourner comme il l'a toujours fait. Le 2 avril 2010, il passe du grade d'Officier (2004) à celui de Commandeur de la Légion d'honneur ; il est également Officier des Arts et des Lettres.
En 2014, il célèbre comme il se doit le 150ème anniversaire de la mort de Jean-Philippe Rameau par le récital Le Jardin de Monsieur Rameau, entre deux enregistrements d'Haendel, dont l'opéra Belshazzar. En 2015 paraît le récital thématique Les Menus Plaisirs de Louis XIV : De Paris à Versailles, suivi de La Harpe Reine, avec Xavier de Maistre. La compilation Le Baroque Français, parue en 2016, offre un panorama de ses interprétations avec son ensemble fétiche, Les Arts Florissants.