Crée en 1999 au Conservatoire national de la région de Boulogne-Billancourt, dans les Hauts-de-Seine, le Quatuor Ébène est composé de Pierre Colombet et Gabriel La Magadure au violon, Mathieu Herzog à l'alto et Raphaël Merlin au violoncelle.
L'ensemble interprète Bartók, Brahms, Haydn mais aussi Debussy, Ravel et Gabriel Fauré. Le quatuor obtient son premier succès public en 2007 avec l'album Bartók : Quatuors Nos 1, 2 & 3. Le groupe quitte alors le label Mirare pour intégrer Virgin Classics (2008) et enregistre le programme Brahms : Quatuor à cordes n° 1 - Piano Quintet. Suite à ce succès, en 2010, l'ensemble de musique de chambre obtient une Victoire de la musique classique dans la catégorie dédiée.
En novembre 2010, le Quatuor Ébène quitte le répertoire classique et réalise l'album Fiction (2010), un recueil de musiques de films interprétées en formation de musique de chambre. Début 2013 paraît un nouvel opus de la formation qui aligne deux quatuors à cordes de Felix Mendelssohn, le Quatuor n° 2 opus 13 et le bien connu Quatuor n° 6 opus 80 face à une oeuvre de sa soeur Fanny, beaucoup moins jouée, le Quatuor en mi bémol majeur. Le quatuor obtient un Diapason d'or pour cet enregistrement.
En avril 2014, le projet Brazil met à l'honneur la musique sud-américaine, d'Astor Piazzolla à Antonio Carlos Jobim, en compagnie de Bernard Lavilliers et de la chanteuse américaine Stacey Kent. En 2016, avec son nouvel altiste Adrien Boisseau, l'ensemble revient au répertoire classique pour un volume d'oeuvres de Schubert, String Quintet - Lieder, dans lequel il joue le célèbre Quintette pour deux violoncelles avec Gautier Capuçon.
