Née à Paris en 1963, Emmanuelle Haïm passe le Conservatoire Supérieur de Musique de Paris avec brio avec cinq diplômes.
Après des études de clavecin sous la tutelle de Kenneth Gilbert et Christophe Rousset, elle s'oriente vers la direction musicale au Centre de musique baroque de Versailles puis enseigne au CNSM de Paris à partir de 1990 (et jusqu'en 2002). Professeur de musique baroque, Emmanuelle Haïm travaille en synergie avec de grands chefs nommés William Christie, Daniel Harding ou Simon Rattle et des chanteuses comme Cecilia Bartoli, Patricia Petibon et Sandrine Piau.
C'est en 2001 qu'Emmanuelle Haïm accède à la reconnaissance au festival de Glyndebourne dans une représentation de Rodelinda de Haendel, suivie de Theodora en 2003. À la tête de l'orchestre Le Concert d'Astrée depuis 2001, elle dirige en parallèle plusieurs compagnies d'opéra (Chicago Lyric Opera, Orchestra of the Age of Enlightment, Scottish Chamber Orchestra, le Philharmonique de Berlin en 2008), enregistre des grandes oeuvres du répertoire et glane trois Victoires de la Musique en 2003 (meilleur ensemble de l'année), 2008 (pour l'enregistrement : Carestini : The Story of a Castrato ) et 2009 (Lamenti).
La collaboration d'Emmanuelle Haïm avec Le Concert d'Astrée s'enorgueillit de productions prestigieuses avec les metteurs en scène Robert Wilson ou Robert Carsen. Elle connaît une suite de succès avec les représentations du Couronnement de Poppée et de L'Orfeo (Monteverdi), Thésée (Lully), Hippolyte et Aricie (Rameau), Giulio Cesare (Haendel), The Fairy Queen (Purcell) et Les Noces de Figaro (Mozart). Sous contrat avec le label Virgin Classics, la chef d'orchestre réussit à s'accorder les faveurs de la critique et du public, comme en témoigne sa version de Didon et Enée parue en 2003, qui reçoit le célèbre Prix Echo. Cet investissement de tous instants pour la musique baroque lui vaut d'être nommée Chevalier des Arts et des Lettres, puis Chevalier de la Légion d'Honneur en 2009.
Toujours en mouvement, Emmanuelle Haïm dirige Philippe Jaroussky et Sandrine Piau lors d'un récital Haendel en 2010 et enchaîne avec Le Concert d'Astrée pour Orlando. Haendel est toujours au programme en 2011 avec une production de Giulio Cesare avec Natalie Dessay. Sorti début 2012, Une Fête Baroque est le témoignage de ses concerts au Théâtre de Champs-Elysées avec Philippe Jaroussky, Natalie Dessay, Patricia Petibon, Rolando Villazon, Anne Sofie von Otter, Sandrine Piau, etc.