Primus est la création du bassiste et chanteur Les Claypool. Il forme la première mouture du groupe en 1984 à El Sobrante (Californie) sous le nom de Primate. Le groupe change vite son nom en Primus, suite à la réclamation d'un autre Primate qui vait valoir son antériorité. Primus est alors un trio orienté metal fusion avec le guitariste Larry LaLonde et le batteur Tim Alexander. Primus atteint vite une réputation flatteuse en Californie et enregistre en 1989 l'album live Suck on This, financé par le père de Lee Claypool.
Le premier album studio de Primus, Frizzle Fry sort sur un label local en 1990. Le groupe tourne alors avec Jane's Addiction et est signé par le label Interscope, alors filiale de Warner. De cette collaboration naît en 1991 le mythique Sailing the Seas of Cheese. Album révolutionnaire Sailing the Seas of Cheese n'est à sa sortie que n° 116 au Billboard, mais son style en fait vite un album culte, à tel point qu'il est confirrmé disque de platine dix ans plus tard en 2001. Primus produit une musique assez incroyable, qui peut se réclamer de The Residents ou King Crimson autant que de Parliament et du metal.
Pork Soda en 1993 marque l'avènement de Primus aux Etats-Unis où il devient un groupe référence. Pork Soda se classe numéro sept des ventes, mais ne parvient pas à dépasser les frontières américaines. A l'instar de Phish, Primus produit une musique difficilement classable qui le coupe des classifications faciles et des ventes mondiales. Primus n'est de plus pas aidé par son label qui est lâché par Warner en 1995, l'année de la sortie de Tales from the Punchbowl. Si le succès reste important aux Etats-Unis, le manque de soutien à l'international ne permet pas à Primus de dépasser les cercles d'initiés en Europe.
En 1996, Primus est sollicité par les créateurs de la série South Park pour en réaliser le générique. Des millions e gens de par le monde connaissent ainsi un titre de Primus à l'insu de leur bonne foi. Brown Album sort en 1997, mais Primus a du mal à gérer sa popularité et se replie sur lui-même avec un disque qui fait la part trop belle à l'expérimentation. Pour la première fois avec Antipop en 1999, Primus fait appel à de nombreux producteurs et musiciens extérieurs, dont James Hetfield et Tom Morello. La reprise de « N.I.B. » de Black Sabbath en 2000 - avec Ozzy Osbourne au chant - devient l'ultime succès de Primus qui décide de marquer une pause à partir de 2001.
Primus revient en 2003 avec les cinq titres du EP Animals Should Not Try to Act Like People, enregistré pour accompagner la sortie d'un DVD. Preuve de l'aura intacte de Primus le EP est n° 44 au Billboard et certifié disque de platine en 2004. Primus se concentre ensuite sur les tournées, avant de sortir son premier Best of en 2006 avec They Can't All Be Zingers. Des rumeurs entretenues par Primus font état d'un nouvel album, les quatre titres offerts en téléchargement sur le site de Primus et intitulés June 2010 Rehearsal n'étant que des ré-enregistrements de morceaux déjà connus.
Heureusement, Primus a la bonne idée de signer son vrai grand retour en septembre 2011 avec Green Naugahyde qui revient aux sources du groupe. Les fans du monde entier sont satisfaits et le font savoir en ouvrant au disque les portes de nombreux charts. Jamais à court d'idée, Primus entreprend en 2014 une relecture forcément psychédélique de la bande originale du film Willy Wonka & the Chocolate Factory (Charlie et la chocolaterie en version française) de 1971. Le résultat a pour nom Primus & the Chocolate Factory with the Fungi Ensemble en octobre 2014.
