Les débuts du groupe se situent au Portugal en 1989, quand Fernando Ribeiro fonde le groupe Morbid God. C'est trois ans plus tard, en 1992, que le chanteur rebaptise son groupe Moonspell. Accompagné du guitariste Ricardo Amorim, du claviériste Pedro Paixão, du bassiste Sérgio Crestana et du batteur Mike Gaspar, le groupe livre quelques démos dans un style de metal gothique assez expérimental, aux structures de chansons assez peu conventionnelles. En 1994, Moonspell livre Under the Moonspell, un premier album très peu distribué, via le label français Adipocere. C'est en 1995 que le groupe, après avoir signé chez Century Media, sort l'album Wolfheart, souvent considéré par les fans et la critique comme le premier véritable opus du groupe.
Le disque est suivi par Irreligious en 1996 (emmené par le single à succès « Opium ») et le très expérimental Sin/Pecado en 1998. Le style très avant-gardiste de Moonspell ne séduit pas toujours la critique, qui a parfois du mal à appréhender la musique du groupe. Moonspell sort The Butterfly Effect en 1999, suivi de Darkness and Hope en 2001, qui est produit par le très en vogue Hiili Hiilesman. En 2003, Moonspell revient avec The Antidote, un album conceptuel agrémenté d'un livre du célèbre écrivain portugais José Luís Peixoto... Selon Fernando Ribeiro et José Luís Peixoto, la sortie du disque et du livre forment un tout, apportant une cohérence narrative faisant le pont entre la musique de Moonspell et les écrits de l'auteur.
En 2005, Moonspell part en tournée avec le groupe de metal américain Cradle of Filth, puis enregistre son album Memorial, qui sort en 2006. Produit par Waldemar Sorychta (du groupe Enemy of the Sun), cet album est le premier à sortir sur le label SPV. Il marque un retour au goth metal et au dark metal chers aux débuts du groupe, qui laisse alors sa propension expérimentale au placard.
Après la sortie en 2007 du best of The Great Silver Eye et d'une compilation de vieux titres, Under Satanae, Moonspell revient en 2008 avec un neuvième album, Night Eternal, qui bénéficie de critiques élogieuses de la part de la presse spécialisée. L'album est suivi quelques mois plus tard, en décembre 2008, du DVD Lusitanian Metal. En avril 2012 sort l'apocalyptique Alpha Noir, disponible en édition limitée avec Omega White son double atmosphérique. Moonspell est plus direct en 2015 avec Extinct, composé de dix chansons et de quatre titres bonus pour l'édition Deluxe.
