Karl Sanders (chant, guitare, claviers) forme Nile à Greensboro, en Caroline du Sud, en 1993. Le groupe développe un style particulièrement agressif qui le situe d'emblée dans la veine brutale du death metal. Mais l'originalité de Nile se situe surtout dans son utilisation de mélodies, et même d'instruments, inspirés de l'Égypte ancienne. Les légendes et les traditions de l'époque des pharaons sont au coeur des thèmes développés par Nile.
Le groupe commence par faire les premières parties des artistes de death metal implantés dans le sud des États-Unis avant de sortir son premier effort Festivals of Atonement en 1995. Après deux autres albums à la renommée toute locale, Nile se voit distribué par Relapse Records à partir de 1998. De ce fait, Nile commence à tourner en ouverture d'Incantation ou de Morbid Angel. En 2000, l'album Black Seeds of Vengeance témoigne de cette montée en puissance.
Après In Their Darkened Shrines (2002) et Annihilation of the Wicked (2005), Nile franchit un nouveau palier en signant avec Nuclear Blast. De nationale, sa renommée devient internationale avec l'album Ithyphallic, qui paraît en 2007 et se classe dans les meilleures ventes de pays aussi exotiques que la France, les Pays-Bas ou la Finlande.
Nile continue à bâtir la pyramide de son succès avec Those Whom the Gods Detest, sorti en novembre 2009. Tournée et album dévastent les contrées européennes à l'automne. En 2012, Todd Ellis remplace Chris Lollis à la basse pour le nouveau recueil At the Gate of Sethu. Comme à son habitude, Nile explore la face la plus noire des légendes de l'Égypte antique. L'album suivant, What Should Not Be Unearthed, fait de même en 2015.