Pixies est formé à Boston (Massachusetts), en 1986, par Joey Santiago (guitare) et Frank Black alias Black Francis (né Charles Thompson IV, chant). Tous deux font la connaissance de Kim Deal (basse) et de David Lovering (batterie) grâce à une petite annonce demandant une combinaison inhabituelle d'influences musicales. Ils choisissent alors le nom de Pixies au hasard d'un dictionnaire.

Les Pixies commencèrent à jouer dans la région de Boston. Lors d'un concert avec les Throwing Muses, le groupe fut remarqué par Gary Smith, un producteur travaillant aux studios Fort Apache. Très vite, Gary Smith devint leur manager et produisit une maquette de 17 titres (The Purple Tape). Ivo Watts-Russell, propriétaire du label indépendant britannique 4AD signera par la suite un contrat avec le groupe. Huit titres de cette démo furent choisis pour figurer sur le maxi Come on Pilgrim. Les chansons « Caribou » et « Vamos » font discrètement des émules grâce à leur côté destructuré et hors du commun : aucune unité de styles, la voix inimitable et écorchée du chanteur, celle cristalline de la bassiste ainsi que les solos simplistes et aériens du guitariste.

Leur premier album Surfer Rosa, produit par Steve Albini, sort ensuite au début de l'année 1988. Il contient le morceau « Where Is My Mind ? », remédiatisé ces dernières années par le film Fight Club de David Fincher en 1999. La presse musicale britannique s'empare du phénomène tandis que la distribution de leurs disques est désormais attribuée à Elektra Records. En 1989, Pixies connaît la consécration internationale avec son album Doolittle. Trois singles en sont issus : « Monkey Gone to Heaven», « Here Comes Your Man » et « Debaser. »  Les deux premiers se classeront directement dans le Top 10 de la catégorie Modern Rock aux États-Unis. L'album atteint la 8ème place du classement des meilleures ventes au Royaume-Uni et entre dans le Top 100 américain.

En parallèle, Frank Black entame une carrière en solo, tandis que Kim Deal forme The Breeders avec sa s?ur jumelle Kelley et Tanya Donelly des Throwing Muses. Durant cette période, Frank Black limite les contributions de Deal dans le groupe. Les deux premiers albums avaient été partiellement écrits par Kim Deal, mais toutes les chansons de l'album Bossanova (1990) ont été intégralement créditées Frank Black. Deal n'apprécia guère cette nouvelle répartition et annonça unilatéralement la séparation du groupe pendant la tournée suivante. Les Pixies sont alors au sommet de leur gloire.

Malgré les rumeurs de séparation, l'album Trompe le Monde sort en 1991 avec quelques légères participations de la bassiste Kim Deal. Malheureusement, l'album ne reçut pas un accueil aussi enthousiaste que pour les précédentes productions. Sans en parler à personne, Frank Black met donc fin à la formation en 1992, en faxant une annonce officielle aux autres membres du groupe.

Durant la longue période d'inactivité des Pixies le label 4AD a malgré tout édité plusieurs disques : Death to the Pixies 1987-1991 (1997) avec dans sa version française un disque live en bonus (enregistré en septembre 1990 aux Pays-Bas),  Pixies at the BBC (1998) qui contient des versions exclusives de 1988 à 1991, Complete B-Sides qui compile des faces-B parues sur les singles du groupe entre 1988 et 1991, et enfin Pixies - The Purple Tape (2002 - label Cooking Vinyl) qui est la maquette originale ayant servie au mini-album Come on Pilgrim.

Ce n'est que le 13 avril 2004 que les Pixies remontèrent sur scène au Fine Line Music Cafe de Minneapolis. Ils entamèrent une première série de quinze concerts dans l'ouest des États-Unis et au Canada, dont le point culminant fut le festival Coachella Valley Music and Arts. Les billets pour ces spectacles se sont souvent vendus en quelques minutes. Suivirent une tournée mondiale de trois mois, puis une tournée de quatre mois aux États-Unis qui prit fin le 18 décembre au Hammerstein Ballroom de New York. Le 15 juin 2004, les Pixies ont fait la première partie des Red Hot Chili Peppers au Parc des Princes à Paris. Du printemps 2004 à septembre 2006 sont sortis une nouvelle compilation, agrémentée d'un documentaire, ainsi que des enregistrements live et rares de chacune de leurs prestations. La tournée mondiale s'est achevée au festival des Vieilles Charrues en juillet 2006.

Tout au long de leur carrière, les Pixies ont prouvé bien avant tout le monde qu'il était inutile d'être un érudit techniquement et de renier son attirance pour les autres styles de musique. Cette démarche parait désormais commune avec la démocratisation du rang de rock star et celui de l'accès à la musique grâce aux nouvelles technologies. Il y a beaucoup plus de formations,  de métissages  et d'attitudes anti-mercantiles. On joue simple. On joue efficacement. Sans se soucier du reste. Mais malgré les affiliations que se trouvent la génération actuelle, la reformation des Pixies sonne le glas d'une musique autrefois spontanée. Le groupe ne se parle peu ou plus. Il n'est pendant une décennie nullement question d'un nouvel album. Sur scène, les titres sont reproduits fidèlement, sans souci d'évolution. Les jeunes chiens fous de Boston ont remplacé les larsens par un cachet exorbitant.

Rien ne prédestine à un retour en studio jusqu'à l'année 2013 où la tentation devient trop forte. Sans Kim Deal qui a claqué la porte mais avec les survivants David Lovering et Joey Santiago, Frank Black réactive l'entité Pixies avec une nouvelle bassiste, Kim Shattuck, pour l'enregistrement de trois EP (EP 1 à EP 3), sortis entre septembre 2013 et mars 2014. Le 28 avril, l'album Indie Cindy produit par le fidèle Gil Norton ajoute un chapitre à l'aventure du groupe qui reprend les tournées avec une troisième bassiste, Paz Lenchantin. Celle-ci s'intègre parfaitement à la formation, participe donc aux sessions qui enfantent l'album suivant, Head Carrier et co-écrit même le titre « All I Think About Now » avec Frank Black. La sortie de ce dernier coïncide avec l'annonce du groupe du retrait pour quelque temps de son guitariste, Joey Santiago, qui a décidé d'intégrer un centre de désintoxication pour régler ses problèmes de drogue et d'alcool.