C'est en 1981, à Chicago (États-Unis), qu'Al Jourgensen fonde Ministry. Les premières réalisations sont très loin du son qui fera plus tard sa réputation. Jusqu'en 1985, Ministry évolue dans un registre pop synthétique inspiré de The Human League et Depeche Mode, comme en témoigne le premier album With Sympathy (1983). Les maxis et simples sortis parallèlement chez Wax Trax seront regroupés sur le CD 12 Inch Singles 1981-1984.
L'amorce du changement a lieu en 1986, à l'heure du deuxième album Twitch, sous l'influence sombre et industrielle de Front 242 et de Cabaret Voltaire, paru sur le label Sire affilié à la major Warner. Al Jourgensen, qui collabore entre autres aux Revolting Cocks, est alors l'unique membre officiel avant d'être rejoint l'année suivante par son alter ego, le bassiste Paul Barker. En 1988, l'album The Land of Rape and Honey fonde l'identité sonore de Ministry, entre rock industriel et guitares metal sur fond de voix distordue. L'année suivante, The Mind Is a Terrible Thing to Taste radicalise le propos de la formation tandis que In Case You Didn't Feel Like Showing Up (1990) donne une idée de ses prestations scéniques.
En 1992, Ministry frappe un grand coup avec Psalm 69: The Way to Succeed and the Way to Suck Eggs, violente charge contre les administrations Reagan et Bush s'inscrivant, par son atmosphère froide et révoltée, parmi les meilleures réalisations du rock alternatif de la décennie et abritant les classiques « Jesus Built My Hot Rod » et « Just One Fix ». Après un succès lors du festival itinérant Lollapalooza, Al Jourgensen diversifie ses projets entre la production du bluesman Reverend Horton Heat et ses participations à The Revolting Cocks et au groupe de country Buck Satan and the 666 Shooters. Son addiction à l'héroïne lui vaut d'être expulsé du Texas.
Il faut attendre l'année 1995 pour voir sortir le sixième album de Ministry, Fifth Pig, dont le principal défaut est de succéder à Psalm 69. Le banjo électrique et l'harmonica côtoient une reprise de Bob Dylan (« Lay Lady Lay »). Quatre ans plus tard arrive The Dark Side of the Spoon, double référence à Pink Floyd et à l'héroïne qui envahit le quotidien du groupe. Le titre « Bad Blood » est choisi pour la bande originale du film Matrix. Licencié par Warner, Ministry réapparaît en 2001 avec le titre « What About Us? », inclus dans la bande originale du film de Steven Spielberg, A.I., dans lequel le groupe fait une courte apparition. La compilation Greatest Fits qui suit propose des titres inédits.
Hébergé par le label Sanctuary qui sort l'album en public Sphinctour en 2002, Ministry enregistre le décevant Animostisomnia, dernier projet associant Al Jourgensen et Paul Barker, démissionnaire au mois d'août 2003. Moins d'un an plus tard sort Houses of the Molé. Lors de la tournée qui suit, Jourgensen fait campagne contre George W. Bush et incite son public à aller voter. En 2005, Rantology propose des remixes, des extraits de concerts, des raretés et un inédit, « The Great Satan ». En 2006, le nouvel album original Rio Grande Blood et sa suite de remixes Rio Grande Dub précèdent le troisième volet d'une triologie anti-présidentielle, The Last Sucker, paru en septembre 2007. Alors que l'avenir de Ministry est incertain, le dernier arrivé dans le groupe en 2005, le batteur Paul Raven, est retrouvé mort le 20 octobre 2007.
Le groupe se mobilise à nouveau et offre en 2012 Relapse, puis l'année suivante From Beer to Eternity. Les dernières années ont été chaotiques et ont vu l'ensemble des musiciens renouvelés autour d'Al Jourgensen. Le guitariste Mike Scaccia, qui avait fondé en parallèle le groupe Rigor Mortis, succombe à une crise cardiaque en plein concert. L'aventure semble terminée sans la détermination d'Al Jourgensen qui conduit un nouveau projet face à l'élection de Donald Trump à la présidence des États-Unis. Le quatorzième album intitulé AmeriKKKant sort en mars 2018, soit cinq ans après son prédécesseur. Il inaugure un nouveau contrat avec le label Nuclear Blast et comprend les collaborations de Burton C. Bell (Fear Factory), DJ Swamp et du rappeur Arabian Prince (N.W.A).
