Isaac Brock, chanteur et guitariste, forme Modest Mouse en 1993 à Issaquah, dans l'État de Washington. Il a pour comparses le bassiste Eric Judy et le batteur Jeremiah Green. Le groupe répète dans un camp de fortune appelé The Shed avant d'être repéré par le label K Records de l'activiste alternatif Calvin Johnson (à l'origine de Sub Pop).
Une poignée de singles plus tard, Modest Mouse enregistre fin 1994 l'album Sad Sappy Sucker qui reste alors dans les tiroirs (et ce jusqu'à sa livraison en 2001). Le groupe fait un saut chez Up Records qui publie les deux albums suivants, This Is a Long Drive for Someone With Nothing to Think About et Interstate 8 en 1996.
En mai 1997 sort l'EP The Fruit That Ate Itself. Il faut néanmoins attendre la sortie de The Lonesome Crowded West (novembre 1997) pour que le nom de Modest Mouse dépasse le cercle des initiés. Depuis, l'opus a gagné ses galons d'album culte du rock américain des années 1990. Up Records s'empresse de sortir les raretés et inédits de Building Nothing Out of Something en 1999.
L'année suivante, Modest Mouse se voit proposer un contrat chez la major Epic/Sony. La blessure à la mâchoire d'Isaac Brock pendant l'enregistrement de The Moon & Antartica (juin 2000), l'empêchant de chanter, apporte à l'album son côté instrumental et expérimental. Le site Pitchfork lui accorde la note superlative de 9.8/10. Brock mène ensuite le projet parallèle Ugly Casanova qui publie l'album Sharpen Your Teeth en mai 2002.
Modest Mouse est de retour sous une nouvelle mouture en avril 2004 : Judy et Green sont remplacés par Don Gallucci et Benjamin Weikel. L'album Good News for People Who Love Bad News, nominé aux Grammy Awards, offre les hits « Float On » et « Ocean Breathes Salty ».
En mai 2006, l'ex-guitariste de The Smiths Johnny Marr vient renforcer les rangs du groupe qui sort We Were Dead Before the Ship Even Sank en mars 2007. L'album atteint le sommet du Billboard et présente les hits « Dashboard », « Missed the Boat » et « We've Got Everything ». S'ensuivent deux ans de promotion sur les routes. En août 2009 fait surface l'EP d'inédits No One's First and You're Next. Il faut ensuite attendre huit ans avant d'entendre en mars 2015 l'album Strangers to Ourselves, précédé par le simple vinyle « Lampshades of Fire ».