Née Ellen Fraatz en 1969, la Berlinoise Ellen Allien séjourne à Londres durant un an, en 1988. A cette époque, c'est la mode de l'acid house en Grande-Bretagne, et elle découvre ce courant notamment au Wag Club. De retour en Allemagne, elle s'essaye aux platines, et commence à mixer dans les clubs de Berlin. En 1991, elle fait ses débuts au Fischlabor, scène techno qui a lancé les plus fameux DJ berlinois, puis au Bunker et au Tresor en 1992.
En 1993, Ellen Allien travaille dans la boutique de disques Delirium et anime l'émission Braincandy sur la radio Kiss FM. Elle devient DJ résidente des soirées Dubmission du E-Werk en 1994, puis au Tresor en 1995, année où elle fonde le label Braincandy, renommé Bpitch Control en 1997.
Le 24 juillet 1997, le E-Werk, club mythique de la scène techno berlinoise, ferme ses portes. Ellen Allien décide alors d'organiser ses propres soirées appelées Bpitch Control. Sur le principe des raves , elles se tiennent dans des lieux situés sur des zones industrielles, et la DJette s'attache à y proposer un concept original mêlant jeux de lumière et projections visuelles à la musique.
Insufflant les mêmes ambitions artistiques à son label, Ellen Allien cherche à produire une techno expérimentale dans l'esprit de l' « Intelligent Dance Music » (IDM). Son premier album s'intitule Stadtkind (2001). Son style nerveux s'y définit par une pulsation puissante, une rythmique syncopée et saccadée. Les voix trafiquées et les sons bruitistes sont méticuleusement travaillés. Si l'album passe un peu inaperçu, sa notoriété de DJette s'étend. Elle se produit à New York et Tokyo, et lance les soirées Boogy Bytes visant à être à la pointe des nouvelles tendances musicales, où elle mixe de manière toujours très énergique.
Le second album Berlinette (04/2003) qui marie techno et pop est acclamé par la critique. Moins élitiste que les productions correspondant au courant de l'IDM, il gagne un large public, destiné tant à la danse qu'à une écoute attentive.
Ellen Allien sort ensuite une compilation de ses remixes réalisés depuis 1995, intitulée Remix Collection (01/2004). Très au fait des dernières innovations artistiques, elle s'en nourrit et reprend des titres de DJ avec lesquels elle collabore, comme « Koax » d'Apparat, « The Way We Have Chosen » d'OMR, « Rippin Kittin » de Goldenboy with Miss Kittin, ou son propre « Alles Sehen » issu de Berlinette (2003).
En produisant des artistes comme The MFA, Ben Klock ou Housemeister, le label Bpitch Control est identifié comme une pépinière de nouveaux talents. Modeselektor, Apparat, Smash TV, AGF, ou les Français Feadz, Eedio et Chloé figurent parmi les artistes qui ont signé sur ce label, devenu la référence absolue de la musique électronique berlinoise. Ellen Allien crée aussi sa propre ligne de vêtements et présente sa première collection en mars 2006.
Le troisième album d'Ellen Allien, Thrills (04/2005), encadré par la sortie des singles « Magma » en janvier et « Your Body is My Body » en août, est coproduit avec Holger Zilske de Smash TV. Alors que les précédents albums étaient entièrement réalisés à l'ordinateur, elle utilise également pour celui-ci des synthétiseurs. L'atmosphère est plus sombre et les sonorités très froides.
La sortie de l'album Orchestra of Bubbles (04/2006), cosigné avec Apparat, officialise leur étroite collaboration, Sascha Ring ayant déjà participé à la réalisation de Berlinette (2003). Mélancolique, ce disque marque une évolution du style de la DJette vers une électro minimale et trance, avec des arrangements soignés utilisant également des instruments à cordes.
Ellen Allien réalise ensuite The Other Side of Berlin (04/2007) pour le site Time Out . Ce concept original offre un disque de remixes variés, allant de David Bowie à Carl Craig ou Miss Kittin, ainsi qu'un DVD où cette Berlinoise inconditionnelle propose une sorte de guide touristique de ses lieux préférés et stratégiques. Une autre importante compilation de remixes, toujours conçue comme un témoignage musical de l'époque, suit de près. Intitulée Fabric 34 (05/2007), elle s'appuie notamment sur des musiques de Larry Heard, Thom Yorke ou Ben Klock.
Avec l'album Sool (05/2008), Ellen Allien, entourée d'AGF, confirme son orientation vers une techno minimale planante et dépouillée. Moins attirée par le chant, qui était jusque là un critère essentiel de l'aspect mélodique de ses compositions, la DJette utilise à présent sa voix comme un instrument, semblable à des synthétiseurs ou des percussions, excepté sur le titre « Frieda » écrit en hommage à sa défunte grand-mère.
Identifiée à ce courant connoté élitiste qu'est l'Intelligente Dance Music, Ellen Allien compose une musique riche et travaillée en matière de sonorités. Elle a pourtant su trouver la faveur d'un large public grâce à un style techno extrêmement pulsé, imparable sur une piste de danse, et à la fois très mélodique. Son orientation surprenante vers une techno minimaliste, expérimentale et abstraite, avec Sool (2008), est illustrée par les nouvelles productions de son label toujours étroitement liées. Cette évolution confine du coup sa musique à une écoute plus cérébrale.
Watergate 05 qui sort en 2010, est certes un mix CD, mais à la façon d'Ellen Allien. Röyksopp et John Tejada y côtoient allègrement une Brigitte Fontaine qui n'en demande pas tant. La Allien touch a encore frappé. D'autant plus fort qu'en mai, Ellen Allien sort Dust , premier véritable album depuis Sool en 2008. En 2013, la berlinoise réalise LISm, un album conceptuel et expérimental suivi, quatre années plus tard, en 2017, de la sortie de Nost, paru en triple vinyle.