Le virus de la guitare attrape Pierrejean Gaucher lorsqu'il a seize ans. Le jeune homme qui envisageait un parcours de dessinateur se prend alors de passion pour l'instrument et part étudier à la Berklee School of Music de Boston (Massachusetts, Etats-Unis) en 1981.
À son retour en France, le guitariste reprend les rênes du collectif Abus Dangereux (raccourci en Abus en 1986), groupe situé aux confins du rock progressif et du jazz avec lequel il publie huit albums jusqu'en 1991, dont le premier est réédité en 2002. La formation qui totalise plus de 400 concerts au cours de son existence est un véritable tremplin au parcours de Pierrejean Gaucher en soliste.
En 1992, Pierrejean Gaucher forme le New Trio avec André Charlier (batterie et percussions) et Daniel Yvinec (basse). L'album New Trio enregistré et sorti l'année suivante puis Pick's Dilemma (1995) mêlent improvisations et classiques en tous genres. En 1994, le guitariste décide de rendre hommage au grand pair que fut Frank Zappa - disparu l'année précédente - en confectionnant l'album Zappe Zappa, réalisé en quintette et publié en 1998.
En 2000 succède l'éphémère Phileas Band, donnant lieu à un album inspiré par le folklore européen et l'electro. Deux ans après sort Live in Stollwerk, enregistrement en public du projet Zappe Zappa saisi à Cologne (Allemagne), suivi de La Fontaine et le Gaucher (2005), projet musical basé sur les Fables de La Fontaine réunissant le quintette et d'autres musiciens de jazz.
En 2006, Pierrejean Gaucher et Christophe Godin allient leurs guitares pour l'album 2G, reprenant divers travaux studio et live entamés en 2002. Il est suivi de Melody Makers (2009), enregistré avec Cédric Affre (batterie) et Clément Petit (violoncelle électrique), consacré aux mélodies anglaises qui ont marqué l'adolescence du guitariste. Le deuxième volume Melody Makers II paru en juin 2012 est lui entièrement constitué de titres originaux.
