Comme il l'évoque lui-même dans sa chanson « La Fin du Saint-Empire romain germanique », c'est dans le contexte de l'immédiat après-guerre qu'Hubert-Félix Thiéfaine voit le jour, en 1948 dans le Jura. Enfant du pays, c'est à Dole qu'il fait toute sa scolarité au cours de laquelle il découvre les poètes surréalistes et situationnistes et leur licence d'écriture dont il s'inspirera lui-même au cours de sa carrière. En dépit de son admiration pour ces grands athées que sont Lou Reed et Léo Ferré, il est contraint de s'inscrire au petit séminaire afin de devenir prêtre, à l'instar de son oncle, curé d'une paroisse jurassienne.
Mais les influences littéraires et musicales de ce jeune homme plein de spleen adolescent correspondent peu à la rigueur de l'enseignement catholique et Hubert-Félix Thiéfaine renonce à la vocation sacerdotale pour entamer un cursus universitaire plus classique à Besançon où il s'inscrit en fac de psychologie. Ayant déjà tâté de la composition et de la chanson au sein d'un groupe lycéen baptisé Caïds Boys, le jeune homme évolue dans le milieu musical du campus entre deux cours magistraux et y fait la connaissance de Tony Carbonare, lui-même musicien amateur et compositeur à ses heures perdues. L'amitié entre les deux jeunes gens est forte et bientôt ce duo devient trio lorsque Claude Mairet, ami d'enfance de Thiéfaine, les rejoint.
En 1971, Hubert-Félix Thiéfaine monte à la capitale à la rencontre du public parisien, mais les premières années sont très difficiles pour le Franc-comtois égaré au milieu de Paris. Vivant de galères en déconvenues, il réussit néanmoins à monter son premier spectacle en 1973, Comme un Chien Dans un Cimetière. Mais le style du chanteur, l'hermétisme de ses écrits et la singulière bizarrerie de ses compositions ne rencontrent qu'un succès mitigé. Loin de la vie de bohème idéalisée des artistes, Thiéfaine connaît quelques années noires mais réussit à transcender le spleen pour mettre sa déprime en musique, tout en s'appuyant maladroitement sur ses deux béquilles que sont la drogue et l'alcool. En 1975, il retrouve Carbonare, qui évolue au sein d'un groupe folk-rock, Machin, qui vient de sortir un premier disque, Moi Je Suis un Folkeux. Bien qu'évoluant sur scène avec eux durant quelques années, Thiéfaine ne sera jamais formellement membre du groupe et continuera à évoluer en solo.
En 1978, Hubert-Félix Thiéfaine, accompagné par Machin à l'instrumentation, sort son premier album au nom déroutant de Tout Corps Branché Sur le Secteur Etant Appelé à S'émouvoir, réceptacle des chansons hermétiques et poétiques de l'artiste, qui se permet d'osciller entre la pure fantaisie (« La Cancoillotte »), le spleen (« Je t'en remets au vent ») et l'humour noir (« Maison Borniol »). Le style clair-obscur de Thiéfaine est posé, même si le succès en demi-teinte (sur le moment) de l'album est essentiellement dû au titre « La Fille du coupeur de joint ».
Autorisation de Délirer, l'année suivante, confirme le style particulier de l'auteur et contribue à accroître quelque peu sa notoriété. Evoquant les thèmes récurrents de la folie, de la dépression et de la mort, Thiéfaine est absolument inclassable et c'est surtout le public gravitant autour de la scène punk qui se retrouve dans cet artiste peu banal. Avec De l'Amour, de l'Art ou du Cochon ?, en 1980, le chanteur tente de jouer davantage la carte de la fantaisie et de l'humour, mais l'artiste, lui, est plus dépressif que jamais et n'arrive à exorciser ses idées noires qu'avec son quatrième album, Dernières Balises (Avant Mutation), pour lequel il retrouve Claude Mairet. Bien qu'ayant fait une série de concerts achevée par un Olympia, Thiéfaine reste toujours aussi marginal et les radios qui daignent la diffuser se contentent généralement de passer « La Fille du coupeur de joints ».
Cependant, c'est désormais un public fidèle qui se presse aux concerts de ce dépressif situationniste, qui déstructure totalement la syntaxe à la manière d'un cadavre exquis dans les paroles de ses chansons. Désormais capable de remplir une salle comme le Zénith, l'auteur de « Narcisse 81 » atteint une forme de plénitude artistique grâce à Soleil Cherche Futur, servi par des titres comme « Loreleï Sebasto cha » ou « Les Dingues et les paumés ».
Oscillant toujours entre le plus profond pessimisme et le comique potache, Thiéfaine devient, aux yeux d'une frange de son public qui n'a rien compris à sa démarche, un apologiste de la drogue. Incarnant ne certaine forme de dandysme décadent aussi blasphémateur qu'en quête de transcendance, Thiéfaine explore un univers qui n'appartient qu'à lui, même s'il commence à être imité (mal, le plus souvent) par quelques artistes trouvant en lui un modèle d'attitude trash/arty. Météo Für Nada et Eros Über Alles, ses deux albums suivants, sont toujours des séances d'auto-psychanalyse mises en musique et, en dépit de la qualité de son travail, Hubert-Félix Thiéfaine commence à prendre conscience que ses albums se ressemblent toujours un peu et qu'il n'a pas beaucoup évolué artistiquement depuis Tout Corps Branché Sur le Secteur...
Après s'être séparé de Claude Mairet, c'est aux Etats-Unis que Hubert-Félix Thiéfaine choisit d'aller trouver son inspiration pour composer son nouvel album. Chroniques Bluesymentales, enregistré à New York sort en 1990 et annonce le « Thiéfaine nouveau ». Il n'a certes pas changé son univers textuel, mais à ses compositions se sont adjoints quelques rythmes nouveaux, issus du sampling ou des musiques électroniques, mais surtout du rock américain traditionnel. Un tournant confirmé avec Fragments d'Hébétude, en 1993, certainement le plus américain des albums du Jurassien depuis ses débuts.
Toujours snobé par les diffuseurs, Hubert-Félix Thiéfaine traverse la décennie 1990 avec ses albums et ses tournées qui durent parfois plus d'un an et demi et compose notamment deux albums entre 1996 et 1998, La Tentation du Bonheur et Le Bonheur de la Tentation, dyptique musical en forme de réponse du berger à la bergère, d'ode au bonheur nécessaire et d'aveu pessimiste sur l'impossibilité de le trouver. Ce n'est qu'avec Défloration 13, en 2001, que le chanteur commence à intégrer des musiques électroniques dans ses compositions, élargissant ainsi un domaine musical essentiellement tourné vers le rock et le folk. Si son écriture est toujours aussi pessimiste, Thiéfaine commence - le passage des années aidant - à chanter la nostalgie et le temps qui s'écoule, rajoutant les affres des angoisses de la vieillesse à celles de la mort. Pourtant, ses compositions sont toujours autant empreintes de la même ironie macabre qu'à ses débuts. Mais c'est surtout à partir de cet album que la profession et les médias acceptent enfin de le reconnaître pour ce qu'il est, à savoir l'un des auteurs les plus doués de son époque. S'il est enfin invité dans les émissions musicales, le plus bel hommage qui lui est rendu est l'album Les Fils du Coupeur de Joints, galette collective où quelques représentants de la plus ou moins alternative (Mickey 3D, Sanseverino, Bénabar...) viennent reprendre quelques-uns de ses titres.
Thiéfaine s'institutionnalise presque, joue avec les musiciens de Zazie et s'associe à Paul Personne avec lequel il est ami. Une évolution vers la nouvelle chanson française confirmée par Scandale Mélancolique, en 2005, pour lequel il n'hésite pas à pousser la chansonnette avec Cali sur le titre « Gynécées ».
Une reprise par Bénabar, un duo avec Cali... Thiéfaine se serait-il « vendu » ? La question s'est posée, surtout lorsque l'hypothèse d'une collaboration de l'auteur avec le money-maker français Johnny Hallyday est envisagée en 2007 peu de temps avant la sortie de l'album Amicalement Blues. Mais cette question en amène une autre : peut-on rester éternellement un artiste maudit ? Dans le cas d'Hubert-Félix Thiéfaine, la réponse est ambiguë : ce n'est pas Thiéfaine qui s'est adapté à la scène française, mais plutôt le contraire, car la jeune génération de la chanson française a passé son adolescence à écouter « Loreleï Sebasto Cha » ou « Les Dingues et les paumés ». Une reconnaissance ultime sous forme de justice immanente pour un auteur aussi doué que non conventionnel et dont l'influence sur la musique de son époque reste déterminante.
En février 2011, le sexagénaire demeure un enfant terrible de la chanson comme le démontre le nitzschéen Suppléments de Mensonge, nouvel album produit par les ex-Valentins Jean-Louis Piérot et Edith Fambuena. Thiéfaine s'entoure pour l'occasion de nouveaux compositeurs tels que Ludéal, JP Nataf, Dominique Dalcan, Arman Méliès et La Casa. Cette aventure est suivie d'une tournée baptisée Homo Plebis Ultimae Tour. Jouant avec le sens de cette citation du latin Sénèque, Hubert-Félix Thiéfaine peut laisser croire qu'il s'agit de son ultime tournée. Il n'en est apparemment rien et cette nouvelle visite à ses fans est captée sur le CD et DVD Homo Plebis Ultimae Tour qui reprend le concert donné à Nantes. Sorti en octobre 2012, Homo Plebis Ultimae Tour est disponible en édition limitée sous forme d'un élégant coffret.
Deux ans plus tard, après un détour par la case studio, Hubert-Félix Thiéfaine réapparaît en novembre 2014 sur un album plein de sens, Stratégie de l'Inespoir, annoncé par l'extrait « Angelus ». Ce nouveau recueil est élaboré avec ses musiciens et compositeurs attitrés Yan Péchin, Christophe Board, JP Nataf, Arman Méliès, Cali ainsi que Jeanne Cherhal.
