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Rencontrés au Skidmore College de New York, Even Mast et Mike Stroud assemblent leurs affinités pour les musiques électroniques et décident de monter le duo Cherry en 2001.
Even Mast joue des synthétiseurs, de la basse, et touche à la programmation et à la production. Graphiste de formation, il mène de front le label Audio Dregs et a commis un album sous le nom de E*Vax (Parking Lot Music, 2000), tandis que son acolyte, le guitariste Mike Stroud, a accompagné Ben Kweller et Dashboard Confessional. Ils se produisent pour la première fois ensemble en mai 2003, et changent leur nom pour Ratatat peu après.
En novembre 2003 paraît le premier single du duo, en édition limitée, suivi de concerts en ouverture de Franz Ferdinand, Interpol et Battles. L'album Ratatat, dominé par les sequenceurs, est publié par le label XL Recordings en avril 2004. Il entraîne une suite de remixes autoproduits (Remixes, Vol. 1) selon l'habitude que prendra le duo.
Les deux musiciens poursuivent leurs activités chacun de leur côté et se retrouvent pour une tournée japonaise avec Mogwai et pour le réussi Classics, paru en août 2006. Le 6 octobre de la même année, Ratatat est le premier groupe à jouer dans l'enceinte du Musée Guggenheim à New York. La performance 9 Beats se retrouve sur internet avant que le duo ne publie Remixes, Vol. 2.
En 2007, Ratatat accueille le claviériste Martin Bonventre en tournée, puis se penche en binôme sur la suite. Plus organique que les précédents, LP3 apparaît en juillet 2008, accompagé de trois singles (« Shiller », « Shempi » et « Mirando »). Présent sur deux titres de l'album Man on the Moon de Kid Cudi, Ratatat est invité dans le David Letterman Show le 11 septembre 2009.
Au printemps 2010 paraît le quatrième album titré sans surprise LP4, principalement enregistré à partir des séances du disque précédent. Cet effort plus expérimental compte néanmoins, à l'instar de ses prédécesseurs, des titres repris pour des synchronisations publicitaires ou radiophoniques. En 2015, le duo connaît un hit surprise avec le titre « Cream on Chrome », suivi à l'été du cinquième album Magnifique, incluant d'autres simples (« Abrasive », « Intro ») et une reprise du groupe Springwater, « I Will Return ».
