Elie Boniche est né en 1921 dans une famille juive séfarade originaire d'Espagne et de Kabylie. Son père est bijoutier et joueur de mandole, grosse mandoline utilisée dans le chââbi algérois. Enfant, Lili Boniche est plus sensible au houzi ou hawzi, style arabo-andalou du cru. Il est pris en main par le maître du genre Saoud l'Oranais, lorsqu'il n'a que dix ans.Il apprent ainsi le luth en plus de la mandoline et fait ses débuts scéniques à treize ans. Lili Boniche se voit confier en 1936 le soin d'animer une émission consacrée au hawzi sur Radio Alger.
L'émission et le jeune homme deviennent vite très populaire, et Lili Boniche se produit en vedette dans les cabarets d'Alger. Aimé par les Français, les Arabes, et les Juifs, Lili Boniche est le symbole d'une Algérie encore tolérante et fraternelle. Tout au long des années mille-neuf-cent-quarante, Lili Boniche va façonner son style « françarabe » où langues française, arabe, et espagnole se côtoient. Les tubes se suivent avec les emblématiques « Alger, Alger » ou « Pedro le toréador ». La fièvre gagne Paris où Lili Boniche se produit en vedette au Soleil d'Algérie, un cabaret de faubourg Montmartre. Et tout cela sans véritablement enregistrer de disques dans une période où ils ne sont pas encore massivement répandus.
La carrière de Lili Boniche va tourner court à cause de son premier mariage. Son épouse le pousse à se consacrer aux affaires et Lili Boniche rentre à Alger exploiter plusieurs salles de cinéma. L'Algérie, il la quitte définitivement en 1962 comme tant d'autres pour ne jamais y revenir. En France, Lili Boniche se lance dans la restauration puis devient représentant en machines de bureau avant de couler une paisible retraite. C'est sur la Côte d'Azur que Francis Falceto vient le trouver en 1991 pour lui proposer de remonter sur scène.
Le vieux monsieur qui est toujours un jeune homme dans son coeur n'hésite pas un instant. Lili Boniche va même enfin déflorer sa discographie avec l'aide de ses admirateurs retrouvés. En 1998, sort Alger, Alger produit par Bill Laswell où il enregistre ses grands succès. Puis le sorcier de la world fusion l'aide à sortir en 1999 un étonnant Boniche Dub. 1999 est une grande année pour Lili Boniche qui sort deux enregistrements en public (Lili Live et Il N'y A Qu'un Seul Dieu, Live à l'Olympia) où la ferveur de ses admirateurs est palpable. Oeuvres Récentes en 2003 et le double CD Trésors de la Chanson Judéo-Arabe en 2005 complètent sa tardive discographie.
Sans véritable héritier musical si ce n'est Enrico Macias, Lili Boniche s'éteint le 6 mars 2008. La compilation Anthologie rend en décembre 2012 un hommage définitif à cet enfant d'une Casbah métissée et engloutie dans les remous de l'histoire.