À la base, The Prodigy est une personne, Liam Howlett, ancien DJ hip hop converti à la musique électronique lors du Summer of Love de 1987. C'est toujours seul qu'il sortira le premier EP de The Prodigy, What Evil Lurks.
Fin 1990, il s'adjoint les services de deux danseurs, Leeroy Thornhill et Keith Flint, qui viennent renforcer l'impact visuel de ses sets DJ. En 1991, The Prodigy signe avec l'indépendant XL Recordings, dont la première tâche consiste à ressortir le premier EP. Le single suivant, « Charly » rencontre un succès immense en Angleterre. La machine The Prodigy est lancée. En 1992 sort le premier album du groupe, Experience, qui est un succès outre-Manche...mais nulle part ailleurs.
Petit à petit, le groupe va conquérir son public sur scène, où Keith Flint, de plus en plus extrême dans son look (cheveux teints en vert, maquillage gore et piercings) et son attitude fait des ravages. En 1993, le rapper Maxim Reality arrive dans le groupe. Désorienté par ce succès qu'il n'attendait pas, Liam Howlett radicalise la musique du groupe, comme en témoigne Music for the Jilted Generations (1994). L'influence rock devient sensible, et il se croise même les furieux Pop Will Eat Itself sur un titre.
Loin de calmer les ardeurs du public, le groupe devient de plus en plus populaire, notamment grâce au tube « No Good (Start the Dance) » En 1996, le groupe sort « Firestarter », un simple qui porte bien son nom, au vu de ce qui va se passer par la suite. Carton immédiat en Angleterre, aux Etats-Unis, en Allemagne et en France. « Breathe » sort en second single et contribue à faire monter la pression... Mais le troisième album du groupe tarde à arriver. Il faut attendre 1997 pour voir The Fat of the Land arriver dans les bacs.
Malgré son colossal succès, cet album surproduit, grandiloquent, n'est pas à la hauteur des espérances que l'on plaçait en lui... Il n'en reste pas moins un album majeur, ne serait-ce que pour la contribution qu'il a apporté au développement de la musique électronique en général. En 1999, Liam Howlett sort The Dirthchamber Sessions Vol 1, recueil des 50 titres qui, de Public Enemy aux Sex Pistols (mais aussi Barry White), l'ont influencé. En 2000, c'est au tour de Maxim de sortir son (anecdotique) album solo Maxim, un OVNI hybride et mal né. Keith Flint offre au groupe le single « Baby's Got a Temper » en 2002.
En 2004 sort Always Outnumbered, Never Outgunned, album centré autour de Liam Howlett qui garde la même ligne directrice de beats lourds et agressifs (« Memphis Bells »). Les temps ont changé et de novateurs, The Prodigy est devenu un vestige du passé ; le son a vieilli et la nouvelle génération electro ne les a pas attendus.
Loin de s'en laisser conter par ses successeurs, The Prodigy applique sa recette favorite en mars 2009 pour l'anachronique Invaders Must Die, nouveau concentré de rythmes en plomb et de slogans schizophrènes. « Invaders Must Die » et « Omen » en sont les premiers extraits. La tournée qui s'ensuit apporte le CD, DVD et blu-ray World's on Fire, enregistré le 24 juillet 2010 devant 65 000 spectateurs au stade de Milton Keynes (Grande-Bretagne).
Six après son dernier album studio vendu à un million et demi d'exemplaires, témoignant de la bonne santé commerciale du groupe, The Prodigy revient à l'affiche avec un album annoncé comme « violent », The Day Is My Enemy, accompagné des extraits « The Day Is My Enemy », « Nasty » et « Wall of Death ». Le titre « Ibiza » est chanté avec le duo Sleaford Mods. Trois ans plus tard paraît No Tourists, qui bénéficie des présences de Ho99o9 et Barns Courtney. L'album sorti en novembre 2018 est lancé par les extraits « Need Some1 » et « Light Up the Sky ». Le 4 mars 2019, Keith Flint est retrouvé mort à son domicile de Great Dunmow (Essex). La police conclut à un suicide par pendaison du chanteur âgé de 49 ans. L'avenir du groupe, qui annule les concerts prévus dont un en tête d'affiche au festival de Glastonbury, est remis en question par ce tragique événement.
