Malgré des noms de famille différents, Mike sandison et Marcus Eoin sont frères. Originaires d'Edimburgh en Ecosse, ils jouent de la musique ensemble depuis leur plus jeune âge. Mieux, c'est à partir de leurs dix ans qu'ils commencent à expérimenter l'enregistrement et les collages sur bande magnétique. Ils jouent ensuite seul ou ensemble dans différents groupes amateurs, avant de se rejoindre en 1986 dans ce qui va devenir Boards of Canada. Le groupe se réduit dès 1989 au duo constitué par les deux frères. Le temps d'acquérir une expérience scénique, Boards of Canada sort en 1995 l'EP auto-produit Twoism.
L'année d'après, Boards of Canada bénéficie du soutien de Sean Booth d'Auterche pour sa première sortie commerciale avec Hi Scores. Ces premiers essais aboutissent à la sortie en 1998 de Music Has the Right to Children sur Warp Records. Music Has the Right to Children reçoit dès sa sortie le soutien des influents médias Pitchfork et Mojo. En juillet 1996, Boards of Canada participe aux fameuses Peel Sessions. Son apparition fait l'objet d'un nouvel EP qui sort en janvier 1999. Devenu une référence, Boards of Canada connaît le succès (n° 21 des ventes) en Grande-Bretagne avec Geogaddi en 2002.
Malgré une petite baisse de régime, The Campfire Headphase confirme l'aura du groupe en dépit de son style ambient peu commercial. En mai 2006, Boards of Canada sort l'EP Trans Canada Highway, avant de marquer une longue pause. C'est par un jeu de pistes numérique que Boards of Canada annonce son retour en 2013. Il est définitivement concrétiser en juin 2013 avec Tomorrow's Harvest qui renoue avec le meilleur de Boards of Canada.