Charles Thompson est né le 6 avril 1965 dans le Massachusetts. En 1986, étudiant à Boston, il prend le pseudonyme de Black Francis et fonde les Pixies avec son colocataire, le guitariste Joey Santiago, recrutant Kim Deal à la basse et David Lovering à la batterie. En quelques années et quatre albums historiques, cette formation va changer la face du rock indépendant américain, permettant l'éclosion d'une nouvelle vague de groupes fortement influencés par leur son et leur attitude. Ainsi Kurt Cobain ne cachera jamais tout ce que Nirvana doit aux Pixies.
Après une tournée en première partie de U2 au printemps 1992, les Pixies sont mis en veille. Kim Deal se consacre aux Breeders, qui vont bientôt obtenir un succès dépassant largement celui de son ancien groupe... Ce qui ne sera jamais le cas de Black Francis, loin de là. Début 1993, alors qu'il se prépare à sortir son premier album solo, il annonce qu'il s'appelle désormais Frank Black et que les Pixies sont séparés. Seul petit détail : il n'a pas prévenu les autres membres de la formation ! Il y aura longtemps de la rancoeur dans l'air (notamment de la part de Kim Deal).
Co-produit par Eric Drew Feldman, ex-Captain Beefheart et Pere Ubu, qui avait déjà participé à l'enregistrement de Trompe Le Monde, le dernier album des Pixies, Frank Black sort au printemps 1993 et même si c'est une vraie réussite artistique, il ne recueille pas le grand succès public que l'on pouvait imaginer pour le premier disque solo du leader d'une formation aussi importante...
Frank Black récidive pourtant l'année suivante avec un double album dans la même veine mais encore plus ambitieux, Teenager of the Year (toujours avec Feldman) qui, malgré le mini-hit « Headache », se vend encore moins bien que son prédécesseur. Il quitte alors 4AD, son label depuis les débuts des Pixies, signe avec American et publie The Cult of Ray en janvier 1996. Cet album bruyant mais peu inspiré est un véritable échec artistique et commercial. Il semble alors que Frank Black ne va plus jamais chercher à obtenir un succès à grande échelle mais rester plus ou moins volontairement dans la marge, satisfait de son statut d'artiste culte, libre de publier les disques qu'il veut.
Il enregistre un nouvel album, très brut, sous un nouveau nom de groupe, Frank Black and the Catholics (constitué des musiciens qui l'accompagnaient déjà sur The Cult of Ray), mais ne peut le sortir sur American, qui traverse une période critique. Finalement, il signe avec Play It Again Sam (PIAS) en Europe au début 1998 et publie ce nouveau disque, suivi l'année suivante de Pistolero, sur lequel il retrouve un peu de sa verve d'antan.
En 2001, Dog in the Sand signale un net retour en forme, avec un rock simple et efficace, enregistré à l'ancienne, directement en stéréo sans re-recording (« C'était bien assez bon pour Frank Sinatra », déclare-t-il à l'époque). L'album marque également le retour de Joey Santiago et d'Eric Feldman. Black a retrouvé l'inspiration : il publie conjointement l'année suivante deux albums assez différents, l'ambitieux Black Letter Days et le plus rêche Devil's Workshop, suivis en 2003 du très introspectif Show Me Your Tears.
L'année 2004 est marquée par la reformation des Pixies. Le groupe tourne en Amérique (où il enregistre ses shows, immédiatement publiés en CD et vendus en concert et sur le net) et en Europe, puis publie une compilation, Wave of Mutilation, et un DVD rétrospectif. On attend même un nouvel album studio... qui ne viendra pas. A la place, Franck Black publie un étrange double album, Frank Black Francis (titre symbolique de sa double personnalité), constitué de démos des débuts des Pixies ainsi que de réinterprétations de titres du groupe par Black accompagné de The Two Pale Boys (Andy Diagram et Keith Moline, habituels coéquipiers de David Thomas, le chanteur de Pere Ubu).
A l'été 2005, Black tourne une nouvelle page, en sortant le surprenant Honeycomb, un album d'inspiration soul et country, enregistré à Nashville avec la fine fleur des musiciens de séances du Tennessee (dont les légendes vivantes Steve Cropper et Spooner Oldham), qu'il réunit de nouveau l'année suivante pour Fast Man Raider Man.
En 2007, il publie Blue Finger, un disque de rock brûlant (concept album consacré à la vie du chanteur punk hollandais Herman Brood), sous le nom de Black Francis ! Cette même année paraît 93-03, la première compilation consacrée à la carrière solo de Frank Black. En 2008, toujours aussi productif, il publie l'excellent SVN FNGRS, nouveau disque concept tirant son inspiration de Cúchulainn, personnage mythique de la légende irlandaise.
Dans Nonstoperotik en 2010, Black Francis délivre sa vision du sexe. Une vision servie par une écriture toujours aussi personnelle et envoutante.
