Dave Wyndorf (chant, guitare), John McBain (guitar), et Tim Cronin (batterie, chant) forment le groupe Monster Magnet en 1989 à Red Bank (New Jersey, États-Unis). Après plusieurs essais, Jon Kleiman (batterie) et Joe Calandra (basse) complètent la formation où Tim Cronin (batterie, chant) fait un bref passage.
Après plusieurs maquettes sort en 1992 le premier album Spine of God. Ce coup d'essai s'avère un coup de maître puisqu'il sera considéré rétrospectivement comme l'un des premiers albums de rock stoner (un terme qui n'existe pas encore à l'époque) et un album devenu culte, situé entre le hard rock et le heavy metal de Black Sabbath et le space rock de Hawkwind.
Le groupe tourne ensuite avec un autre poids-lourd du rock stoner, Soundgarden, qui l'aide à décrocher un contrat chez A&M Records. L'album qui suit en 1993, Superjudge, est une nouvelle réussite comprenant une version du « Brainstorm » de Hawkwind. Avant ce premier album pour une grosse compagnie, John McBain est remplacé par Ed Mundell. Moins psychédélique que les deux premiers albums, Dopes to Infinity (1995) porte les espoirs du groupe d'élargir son audience. Las, malgré le titre « Negasonic Teenage Warhead », dont la vidéo tourne régulièrement sur MTV, l'album ne remporte qu'un succès d'estime.
En 1998, son successeur Powertrip offre à Monster Magnet son premier disque d'or, grâce au titre « Space Lord », programmé en radio. En conséquence, Monster Magnet se produit avec des valeurs sûres comme Metallica, Aerosmith ou Marilyn Manson. Les changements de personnel se poursuivent avec le départ de la section rythmique d'origine après l'enregistrement de God Says No (2001). Monster Magnet quitte alors A&M et sort en 2004 l'album Monolithic Baby!, sans plus de succès hors de la base des fans. Pour solde de tout compte, A&M sort en 2003 un Greatest Hits.
Le 27 février 2006, Dave Wyndorf est victime d'une overdose médicamenteuse qui repousse à l'année suivante la sortie de 4-Way Diablo. La reconnaissance du groupe en Europe et en Australie plutôt qu'aux États-Unis se confirme avec Mastermind (2010), dont le style se rapproche plus du doom metal que du rock stoner habituel, ce qui a pour effet d'élargir le public en concert.
En 2013, alors que le quintette se stabilise, l'album Last Patrol vient renforcer la notoriété de Monster Magnet qui effectue sa première tournée américaine en dix ans. Retravaillé et augmenté de quatre titres inédits et deux autres en public, cet album ressort trois ans plus tard sous le titre Milking the Stars: A Re-Imagining of Last Patrol. Le même processus est appliqué au précédent Mastermind, qui se voit revu et corrigé cinq ans plus tard dans une version baptisée Cobras and Fire (The Mastermind Redux). Arrivé à maturité, le groupe signé par Napalm Records signe en 2018 un dixième album sans fioritures, comme l'indique son titre Mindfucker.
