Né le 27 janvier 1970 à Genève (Suisse) d'un père suisse et d'une mère française, Emmanuel Pahud est amené à beaucoup voyagé dans sa jeunesse, de Bagdad à Rome où il prend ses premières leçons avec François Binet, puis à Paris où il termine ses études musicales au Conservatoire National Supérieur avec Michel Debost.
En 1988, il remporte son premier concours international à Duino (Italie), puis celui de Kobe (Japon) l'année suivante. Formé par des solistes renommés tels Aurèle Nicolet, Peter-Lukas Graf ou Carlos Bruneel, le jeune flûtiste suisse fait ses classes dans l'Orchestre de la Radio de Bâle dirigé par Nello Santi puis au Munich Philharmonic sous la baguette de Sergiu Celibidache.
En 1992 arrive la consécration quand le chef Claudio Abbado l'engage comme premier flûtiste du fameux Orchestre philharmonique de Berlin, prenant la succession de Karlheinz Zöller. Cette prestigieuse nomination pour un musicien de son âge (22 ans) est consolidée par sa réussite au Concours international de Genève au même moment.
Lancé dans le grand bain des concerts, soirées de gala, festivals et tournées mondiales, Emmanuel Pahud fait de nombreux extras pour des orchestres suisses (Zurich Tonhalle Orchestra, Orchestre de la Suisse romande), anglais (London Symphony Orchestra et Philharmonic Orchestra), allemands (Orchestre de la radio de Bavière et de Berlin), autrichien (Orchestre de la radio de Vienne), français (Orchestre philharmonique de Radio-France) ou japonais (NHK Symphony Orchestra). Dans le même temps, il remporte le Prix Juventus attribué par le Conseil de l'Europe, celui de la Fondation Menuhin et le Prix de l'UNESCO.
Signé en exclusivité chez EMI Classics après quelques enregistrements pour la marque Valois, Emmanuel Pahud commence son contrat par la sortie en 1996 du Concerto pour flûte et orchestre et du Concerto pour flûte et harpe de Mozart, qui remporte un Diapason d'or et le Prix des auditeurs de Radio France. L'album suivant, Paris !, réalisé avec Eric Le Sage en 1998, vaut au flûtiste une Victorie de la musique classique et un nouveau Diapason d'or. Sur la vingtaine d'enregistrements qu'il réalise, ses collaborations avec le pianiste Stefan Kovacevic et le violoncelliste Truls Mork sont aussi régulières que remarquées.
En 2006, Emmanuel Pahud se voit décerner la haute distinction d'artiste étoile du Festival de Lucerne. En 2009, il est fait Chevalier des Arts et des Lettres à Berlin pour sa contribution au répertoire musical français. En 2012, l'album Le Roi Flûtiste est une nouvelle preuve du talent du plus grand flûtiste contemporain. En mars 2015, l'album Révolution réveille quatre concertos pour flûte de l'ère révolutionnaire, signés Gluck, Pleyel, Devienne et Gianella. L'Orchestre de chambre de Bâle dirigé par Giovanni Antonini l'épaule dans cette réhabilitation.
