C'est dans son fief de Palm Desert, en Californie, que Josh Homme met sur pied Eagles of Death Metal en 1998. Il s'adjoint les services de Jesse Hughes (chant, guitare), un ami d'enfance passablement agité, comme en témoigne son surnom « The Devil » (le diable). Absorbé par le succès de Queens of the Stone Age, Josh Homme peut enfin poser sa voix inimitable sur l'album Peace, Love, Death Metal qui sort en 2004. Il apparaît alors clairement qu'Eagles of Death Metal est le chaînon manquant entre The Cramps, MC5 et Queens of the Stone Age. Josh Homme peut laisser libre cours à sa fantaisie sur des compositions brinquebalantes et du pur rock'n'roll garage.
En 2006, l'album suivant Death by Sexy confirme les bonnes dispositions des deux hommes, qui persévèrent dans un rock d'arrière-cour et se permettent de se faire éjecter de la tournée de Guns N'Roses, après avoir donné leur sentiment distingué sur Axl Rose. L'album se tient respectueusement en bas des classements de ventes. En janvier 2009, Heart On ne révolutionne pas la formule mais exhale une liberté créative proprement réjouissante. Eagles of Death Metal projette la même année une tournée mondiale mais se tient à l'écart des stades et remplit des salles où la proximité du public lui permet un minimum d'échange.
L'année suivante, le bassiste de tournée du groupe, Brian O'Connor, doit subir une chimiothérapie pour soigner un cancer. Le groupe donne un concert à la Brixton Academy de Londres afin de récolter des fonds pour son musicien. Jesse Hughes et Josh Homme se laissent ensuite le temps de donner vie à un projet solo pour l'un, baptisé Boots Electric, et à un nouvel opus de Queens of the Stone Age, ...Like Clockwork, pour l'autre. Il faut attendre le mois d'octobre 2015 pour les voir réactiver Eagles of Death Metal et publier un nouvel album studio baptisé Zipper Down. La tournée qui suit tourne à la tragédie. Le 13 novembre 2015, alors que le groupe se produit sur la scène du Bataclan de Paris, une équipe de terroristes de l'État islamique fait irruption dans la salle, tire sur les spectateurs et les prennent en otage jusqu'à l'intervention des forces spéciales de la police. Le bilan de 89 morts s'ajoute à ceux des attaques simultanées dans la capitale. Le groupe, qui s'en sort indemne, rentre aux États-Unis et lance un appel à la générosité pour les familles des victimes.
