Né le 6 avril 1960 à Asheville (Caroline du Nord), Warren Haynes est découvert en 1980 par l'artiste de country alternative David Allan Coe. Il rejoint alors le groupe de celui-ci et commence à tourner à travers les États-Unis. Après plusieurs années, Warren Hayes s'établit à Nashville (Tennessee), où il forme le groupe Rich Hippies, et se produit sur les scènes locales. En 1987, il est contacté par Dickey Betts - rencontré quelques années plus tôt par l'entremise de David Allan Coe - pour rejoindre le Dickey Betts Band.
C'est ensuite naturellement qu'il suit Dickey Betts lors de la reformation de The Allman Brothers Band en 1989. Warren Hayes participe ainsi à quatre albums du fleuron du rock sudiste. L'année 1989 est également celle du début de The Christmas Jam, série de concerts de charité donnés en faveur de l'association Habitat for Humanity. Au fil des ans, la fine fleur de l'americana se produit à ces rencontres au bénéfice des déshérités. En 1993, Warren Hayes sort son premier album solo, Tales of Ordinary Madness, produit par Chuck Leavell, claviériste de The Allman Brothers Band.
Fidèle à sa famille musicale, Warren Haynes forme en 1994 Gov'T Mule avec le batteur Matt Absts, du Dickey Betts Band, et Allen Woody, bassiste de The Allman Brothers Band. Prolifique, Warren Haynes se produit régulièrement avec ses amis de The Grateful Dead depuis 1997. En 2003, il sort l'EP Lone, et l'année suivante l'enregistrement en public Live at Bonnaroo. Le guitariste et chanteur se produit aussi régulièrement avec le Dave Matthews Band.
En 2011, Warren Haynes publie Man in Motion, concentré de blues rock sudiste teinté de soul. L'album voit Ivan Neville et Ian McLagan apporter de la chaleur au son de Warren Haynes, marchant désormais dans les pas de Duane Allmann et Dickey Betts. En 2015, son troisième album solo Ashes & Dust propose une nouvelle formule acoustique. Son groupe accompagnateur The Railroad Earth le suit en tournée.
