La véritable naissance du duo Autechre se situe en 1987 à Rochdale (ex-cité industrielle proche de Manchester) quand Sean Booth (né en 1972) et Rob Brown (né en 1970) sont présentés mutuellement par un ami commun. En discutant, ils se rendent compte qu'ils possèdent les mêmes disques d'electro, qu'ils sont des adeptes de « breakdance » et de vélos BMX. Il n'en faut pas plus pour que les deux compères deviennent inséparables et plongent ensemble dans la culture hip-hop qui explose alors en se mêlant aux bandes de graffeurs et taggueurs des environs.
Rob Brown confectionne chez lui des cassettes où il mixe les premiers classiques hip-hop de Run-DMC et Man Parrish. Parallèlement, le duo acquiert un échantillonneur rustique Casio et une boite à rythmes Roland 606 qu'ils mélangent à leurs cassettes mixés. Ils prennent de plein fouet la révolution « acid house » de 1989 et découvrent Meat Beat Manifesto et Renegade Soundwave, artistes électroniques selon eux plus novateurs dans leur utilisation des breakbeats que les groupes rap américains d'alors. Grâce à un interview sur une radio pirate, ils décrochent leur propre émission sur la radio de Manchester Mancunian FM 102.
Le duo commence à expérimenter ses propres morceaux dont « Cavity Job » en fin 1991 sous le nom de M.Y.S.L.B. L'accueil est favorable mais ne se concrétise pas par un label de sortie. Nullement découragés, ils envoient une démo à un jeune label électronique naissant de Sheffield, Warp Records. Le groupe LFO originaire de Leeds, dont ils sont grands fans, en est un des premiers fleurons avec Sweet Exorcist, Aphex Twin et Nightmares on Wax.
Le label est emballé par les morceaux envoyés et décision est prise de faire signer le duo baptisé désormais Autechre et de sortir leurs premiers titres « The Egg » et « Crystel » sur la compilation séminale Artificial Intelligence (1992) Celle-ci met en avant des artistes comme Black Dog, B12 et The Orb, qui tendent à mélanger les nappes « ambient » et planantes avec les rythmes dansants de la « techno » émergente. Cette version de « techno », plus destinée à l'écoute domestique qu'au dancefloor, va créer une forte émulation inspirant de nombreux labels anglais (Rising High, GPR, Clear) à se lancer dans la production discographique.
Pour la presse anglaise, cette nouvelle scène est celle où « les machines sont malades ». Le style étrange de Autechre se détache sensiblement et le duo encouragé par ces premiers succès, s'attelle à la constitution d'un album.
Incunabula, sorti en novembre 1993, se classe immédiatement à la première place des charts indépendants anglais. Rassurés par cette reconnaissance publique, Autechre adopte un rythme de croisière soutenu, sortant régulièrement maxis et albums sur Warp et son propre label Skam. Les premiers opus, Incunabula et Amber, accompagnés de pochettes intrigantes au design froid et épuré, proposent une musique riche toute en nappes émotionnelles et évolutives sur des rythmes changeants plus au moins inspirés de l'electro hip-hop de Mantronix et Afrika Bambaataa.
Néanmoins, la musique du groupe sonne comme totalement personnelle même si elle s'inscrit sans accroc dans la tendance « techno maison » de B12 et Black Dog. Refusant toute étiquette, Autechre va s'évertuer à s'éloigner de ce style fluide pour s'aventurer vers des territoires plus escarpés et fracturés.
En 1994, sort le maxi Anti EP en réaction à la loi « Criminal Justice and Public Order Act 1994 » votée par le gouvernement conservateur de John Major pour lutter contre les fêtes « techno » illégales, qui pullulent depuis 3 ans dans toute l'Angleterre. Le décret stipule l'interdiction de réunion de plus de 50 personnes sur des musiques aux rythmes répétitifs. Le morceau « Flutter » est exclusivement composé à partir de rythmes constamment changeants et évolutifs : le duo conseille aux DJs qui le passent la présence d'un musicologue et d'un avocat pour constater si le titre est passible de poursuites dans le cadre de ladite loi. Tous les bénéfices vont à l'association Liberty (Conseil national pour les libertés civiles), initiative assez rare, voire unique, de membres de la scène électronique à l'époque.
En fin d'année 1994, sort le deuxième album, Amber, immédiatement salué comme l'un des meilleurs albums électroniques des dernières années. La production et la maîtrise des atmosphères les placent au niveau d'un Kraftwerk. Après ce sacre définitif, chaque sortie d'album est attendue avec fébrilité par les amateurs de techno.
En 1995, Autechre fait paraître sous le pseudo de Gescom trois maxis dont le mythique The Sound of Machines Our Parents Used, tous destinés au label Clear, maison qui prône le retour à l'electro des origines. Sous son propre nom, Autechre sort deux brillants maxis : l'ironiquement intitulé Garbage (« détritus » ou « bêtises ») perpétue les ambiances calmes de Amber et Anvil Vapre distille des sons plus abrupts et organiques.
Début 1996, sort le très attendu troisième album Tri Repeate, unanimement salué par la critique et le public comme leur meilleur opus. Celui-ci confirme la maîtrise d'Amber tout en recherchant une voie plus tranchante et riche en accidents et sons déviants. Suit en janvier 1997 l'étrange maxi Envane EP qui mixe scratches hip-hop, nappes maladives avec des sons crachoteux et abstraits.
Mais rien ne prépare à leur quatrième album Chiastic Slide, leur plus aride et austère à ce jour. L'accueil est glacial : on reproche au duo de s'être laissé guider vers trop d'abstraction sonore et un manque d'évidence mélodique. Cette nouvelle approche permet à Autechre de toucher un public plus porté vers la musique contemporaine de l'IRCAM et de gagner le respect d'artistes électroniques plus « expérimentaux ».
Sorti en 1998, LP5, leur bien nommé cinquième album, tout en gardant les acquis iconoclastes de Chiastic Slide, réussit à présenter une musique plus accessible et un propos plus resserré. En parallèle, sous le pseudo de Gescom, Autechre fait paraître la même année le premier album sous format disque intitulé... Mini Disc : 88 titres très courts et très expérimentaux allant d'une musique « ambient » très aride à des morceaux fortement influencés par la musique concrète. L'année suivante, EP7, compilation de maxis faits durant 1999, propose un curieux mélange entre électro déconstruite et climats opaques et impénétrables.
La musique contemporaine du 20ème siècle devient au fil des ans une influence de plus en plus tangible chez le duo. Celui-ci se nourrit des oeuvres d'Edgar Varèse, de György Sándor Ligeti et de Iannis Xenakis, les incorporant petit à petit à leur propos musical. Le duo se lance à la poursuite de logiciels d'environnement musical comme Max et SuperCollider, qui permettent de sculpter le son en termes mathématiques et graphiques. Le résultat de ces recherches est perceptible sur Confield (2001), album le plus froid et digital de leur carrière. Le son est méticuleux, chirurgical, beaucoup plus axé sur les textures que sur les mélodies. Avec cet album risqué et innovant, Autechre se situe bien au dessus du lot dans la sphère électronique et on ne voit guère que des artistes comme Christian Fennesz ou Oval pour les rejoindre dans cette approche sans concession.
En 2002, le maxi Grantz Graf sort en édition limitée avec une vidéo pensée selon les mouvements du titre. La réputation d'Autechre grandit et, signe du grand respect dont on les honore dans son pays, le festival de musiques alternatives All Tomorrow's Parties confie au duo la direction artistique de l'édition 2003. Le choix de programmation du duo est étonnant et éclectique : on y croise le légendaire combo mancunien The Fall, le groupe post-industriel Coil (qu'ils admirent), le rappeur « underground » Elp, le collectif allemand dub/techno Rhythm & Sound, Zoviet France, le musicien contemporain Bernard Parmegianni et les collègues de Warp, Aphex Twin et LFO. De quoi quelque peu contrevenir à l'image colportée par les médias de deux musiciens fermés sur eux-mêmes et n'écoutant que des musiques proches de la leur. Dans leurs interviews, ce qui revient le plus souvent est la notion de plaisir intuitif à faire de la musique qui doit primer sur le travail « quasi-scientifique » des sons.
Draft 7.30 (2003), accueilli avec moins de froideur que Confield, bénéficie d'une production moins clinique et plus abrasive. Les compositions restent difficiles à appréhender mais sont plus resserrées avec quelques mélodies et des motifs rythmiques plus répétitifs. Le duo, lassé de l'utilisation de logiciels savants, essaie de revenir à ses anciennes méthodes qui privilégient les instruments analogiques.
La même année, une tentative de collaboration avec le groupe expérimental Coil échoue (décès du multi-instrumentiste et co-leader John Balance) tandis qu'une autre aboutit avec le groupe industriel Hafler Trio créé par un ancien de Cabaret Voltaire, Chris Watson. Le résultat Aeo & Hae, sorti en édition limitée sur Phonometrography, est la réalisation la plus planante d'Autechre depuis ses débuts.
En avril 2005, Autechre sort son huitième opus (Untilted) sur le label de toujours, Warp. Celui-ci offre une musique plus crue et métallique, dans la continuité de Draft 7.30. S'ensuit un silence de deux ans où le duo travaille régulièrement sa musique comme il le fait depuis vingt ans. Pour sa tournée suivante, il compose rapidement une soixantaine de morceaux, n'en conservant que vingt et privilégiant un format plus court et ramassé. Paru début 2008, le neuvième album intitulé Quaristice est le plus accessible de leur discographie depuis dix ans. Les critiques et les fans qui craignaient une radicalisation dans l'abstrait en sont pour leur frais.
Autechre reste cependant hermétique à la notion de concession et continue de produire un style électronique expérimental avec Oversteps (2010), puis Exai (2013), suivis des cinq séquences de el-seq 1-5 (2016). En avril 2018, le groupe prend ses quartiers dans la radio en ligne NTS où sont enregistrées en quatre séances de deux heures les trente-six pièces des Sessions 1-4, parues en août de la même année.