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Fils d'un chanteur de mambo également chef d'orchestre qui lui enseigne les rudiments de percussion sur des bongos dès l'âge de trois ans, Danilo Pérez est né le 29 décembre 1966 à Panama City. À partir de 1978, il apprend le piano au conservatoire national puis suit des études d'électronique à l'Université d'Indiana, en Pennsylvanie, puis au Berklee College of Music de Boston, avec un diplôme obtenu en 1988.
Ses débuts de musicien professionnel s'effectuent auprès du chanteur Jon Hendricks et du saxophoniste cubain Paquito D'Rivera. En 1989, Dizzy Gillespie lui offre l'opportunité d'intégrer son United Nations Orchestra dans lequel il reste jusqu'en 1992. Imprégné par les rythmes afro-cubains, Danilo Pérez forme son premier groupe avec le saxophoniste porto-ricain David Sanchez et enregistre son premier album sans titre qui paraît en 1992. L'année suivante sort The Journeymen.
En 1996, pour l'album Panamonk, le pianiste associe des thèmes de son aîné Thelonious Monk à des rythmes cubains, créant une fusion au-delà des époques et des genres. Deux ans après, Danilo Pérez réunit Roy Haynes et John Patitucci pour l'album Central Avenue et retrouve ce dernier au sein du quartette de Wayne Shorter. Après l'album Motherland, paru en 2000, il partage son activité de musicien entre sa propre carrière et un poste d'enseignant au Berklee College of Music.
Nommé ambassadeur de bonne volonté par l'Unicef en 2005, Danilo Pérez se consacre à la pédagogie musicale au sein de la fondation qui porte son nom et parraine le Panama Jazz Festival dans son pays. Il enregistre successivement les albums Till Then (2003), Live at the Jazz Showcase (2005), Across the Crystal Sea (2008), Providencia et Panama 500 (2010), puis Children of the Light (2015).