Formé sur les cendres du groupe Flake Music (qui a produit un seul album : Where You Land Here, It's Time to Return, en 1997), The Shins réunit James Mercer (guitare et chant), Neal Langford (basse), Martin Crandall (claviers) et Jesse Sandoval (batterie).
D'Albuquerque à Portland
La formation d'Albuquerque (Nouveau-Mexique) commence par auto-produire deux singles, « Nature Bears a Vacuum » (1998) et « When I Goose Step » (2000) et tourner avec Modest Mouse. C'est lors de ces concerts que The Shins rencontrent Jonathan Poneman du label Sub Pop qui leur propose de distribuer leur premier album Oh, Inverted World, paru initialement sur Omnibus Records en juin 2001. Le disque, entre country et folk lo-fi, contient le titre « New Slang » (au générique du film Garden State à la demande de Zach Braff).
Réinstallé à Portland (Oregon), The Shins (avec un nouveau bassiste, Dave Hernandez) s'attelle à son deuxième opus, Chutes Too Narrow, publié en octobre 2003. Produit par Phil Ek (Built to Spill, Modest Mouse), il recueille d'excellentes critiques (notamment du site Pitchfork qui le classe parmi les 50 meilleurs albums du début de la décennie).
Vente record
C'est en quintette (avec l'arrivée d'Eric Johnson) que The Shins aborde l'enregistrement de son troisième album Wincing the Night Away (janvier 2007) se révèle plus varié et ambitieux. Le disque entre directement à la 2ème place du Billboard, ce qui constitue un record pour le label Sub Pop (devançant même le Bleach de Nirvana). Après l'extraction de quatre singles, « Phantom Limb », « Australia », « Sea Legs » et « Turn on Me », il se retrouve nommé aux Grammy Awards 2008 dans la catégorie « Meilleur album de rock alternatif ».
En juin 2008, le groupe annonce son départ du label Sub Pop, suivi en mai 2009 des remplacements de Marty Crandall et de Jesse Sandoval par Ron Lewis et Joe Plummer. Trois ans après, le temps pour James Mercer de s'adonner au projet Broken Bells avec Danger Mouse, The Shins réapparait avec un nouvel album produit par Greg Kurstin. Sorti en mars 2012, Port of Morrow délivre en guise de premier extrait le titre « Simple Song » et place le groupe parmi les formations les plus en vue du rock indépendant américain, notamment grâce à l'apparition du morceau dans un épisode crucial de la série How I Met Your Mother. Satisfait du succès rencontré, James Mercer s'engage à ne pas attendre à nouveau cinq ans avant de publier un nouvel album. C'est pourtant la durée qui lui faudra pour venir à bout de Heartworms, le temps de réunir une nouvelle équipe à ses côtés, confirmant que The Shins est bien le projet à géométrie variable d'un seul homme.