Belle and Sebastian s'est formé dans un bar de nuit de Glasgow (Écosse), en janvier 1996, autour du tandem Stuart Murdoch (chanteur, compositeur) et Stuart David (bassiste).
Par l'intermédiaire d'un ami impliqué dans une formation universitaire de directeur artistique, ils enregistrent un premier single sur le label de la fac, Electric Honey Records. N'arrivant pas a refréner leur créativité, ils composent le matériel de Tigermilk, premier album enregistré en trois jours et disponible en édition ultra limitée à 1000 copies...ignorées par les médias.
Néanmoins, les musiciens signent sur le label Jeepster Recordings et sortent un faux-premier album, If You're Feeling Sinister. C'est à la faveur d'une première partie de Tindersticks qu'ils se font connaître. Après plusieurs EP enregistrés durant l'année 1997, ils décident de prendre la route. Selon l'assistance, ces prestations possèdent des connotations très religieuses. La formation s'envole ensuite pour les États-Unis afin de promouvoir If You're Feeling Sinister. Le groupe prend tout le monde par surprise et, subitement, enthousiasme les médias qui les négligeaient cordialement jusque là.
En 1999, comme pour mieux renforcer cette révélation inattendue, Belle and Sebastian décroche un Brit Award (équivalent britannique des Victoires de la musique). Dans un registre différent, le site web du groupe est littéralement pris d'assaut et revendique quelques 22.000 connexions quotidiennes. Finalement, le moment semble opportun de rééditer Tigermilk au format CD et d'assouvir ainsi une demande généralisée.
Fin 1997 sort The Boy With the Arab Strap, rapidment promu disque d'or. Suite au départ à l'amiable de Stuart David, et après une année 1999 passée dans un studio, Belle and Sebastian sort un nouvel album intitulé Fold Your Hands Child, You Walk Like A Peasant. La notoriété du duo continue d'enfler : Stuart Murdoch et Stuart David se voit confier la composition de la bande originale du film Storytelling de Todd Solondz, sorti dans les salles en 2002. Ce demi-succès est à classer à part dans une discographie où la qualité est toujours présente. Dans la foulée, Belle and Sebastian quitte la petite structure Jeepster Recordings pour Rough Trade, le plus important label indépendant d'Angleterre.
Le sixième album, Dear Catastrophe Waitress, excellent ouvrage de pop anglaise mûre et indépendante, paraît en octobre 2003. Produit par l'ex-Buggles Trevor Horn, il échappe de peu au Mercury Prize outre-Manche (cette année-là voit le triomphe de Franz Ferdinand). Neanmoins, le titre « I'm a Cuckoo » reste le plus grand succès du groupe en single, se hissant à la 14ème place du classement. Dans la foulée, le DVD Fans Only offre aux amateurs une belle portion de clips, d'extraits de concerts et autres exclusivités.
En mai 2005 sort la compilation des EP et de raretés intitulée Push Barman to Open Old Wounds, suivie en septembre 2005 de Live at the Barbican, distribué en primeur sur le site iTunes. Cet enregistrement consacré au deuxième album du groupe (If You're Feeling Sinister est considéré par certains comme leur meilleur) résume une de leurs prestations au caractère intimiste.
En 2006, The Life Pursuit continue dans cette veine pop finement ourlée, assorti du single « Funny Little Frog ». Quatre ans plus tard, le charme opère toujours sur Write About Love, produit par Tony Hoffer et comptant les participations de Norah Jones sur « Little You, Ugly Jack, Prophet John » (au grand désespoir de certains amtateurs) et de l'actrice Carey Mulligan sur le morceau-titre. En septembre 2013, Belle and Sebastian se manifeste avec la compilation The Third Eye Centre, regroupant des faces B de singles, des remixes, des titres inédits et autres raretés enregistrées entre 2006 et 2010.
Honoré par un NME Award pour sa contribution exceptionnelle au rock anglais, Belle and Sebastian enregistre à Atlanta (Géorgie) son neuvième album Girls in Peacetime Want to Dance, paru en janvier 2015 sous le label Matador (pour la première fois à l'échelle internationale). C'est l'occasion pour le groupe de Stuart Murdoch d'élargir sa palette avec le simple « The Party Line », plus dansant qu'à l'accoutumée, et les onze autres chansons produites par Ben H. Allen. En 2017, le snigle « We Were Beautiful » sort en prélude aux trois volumes des EP How to Solve Our Human Problems, réunis en un album en février 2018.