Alex Callier et Frank Duchêne sont étudiants en cinéma à Bruxelles lorsqu'ils créent un groupe de pop-rock en 1994. Ils ont rejoints par le guitariste Raymond Geerts. L'année suivante, le trio découvre le trip-hop et la scène de Bristol. Des groupes comme Portishead ou Massive Attack déterminent leur nouvelle orientation musicale. Une première démo intéresse Sony Belgium, chez qui ils signent fin 1995. Le groupe se nomme alors Hoover et enregistre son premier album A New Stereophonic Sound Spectacular avec la chanteuse Liesje Sadonius. Celui-ci, sorti en juillet 1996, est encensé par la presse.
Mais, malgré le succès du disque et du single « 2Wicky », qui figure sur la bande originale du film Beauté volée (1996) avec Liv Tyler, Sadonius quitte Hoover en 1997. Elle est remplacée par Geike Arnaert. Avec sa renommée croissante, le groupe doit faire face à un problème de droits car Hoover, est non seulement une marque d'aspirateur mais l'intitulé d'autres groupes. Hoover se transforme alors en Hooverphonic, dont la nouvelle identité n'altère en rien le bon accueil réservé à l'album Blue Wonder Power Milk, sorti en 1998.
En 2000, son successeur The Magnificent Tree marque une nouvelle étape pour Hooverphonic. Les titres « Vinegar & Salt » et « Mad About You », portés par la voix envoûtante de Geike Arnaert et leurs riches orchestrations, deviennent des tubes. Après le départ de Duchêne, Hooverphonic se produit en 2001 en tête d'affiche de festivals européens et tourne aux États-unis. Une autre chanson, « Jackie Cane », devient le concept de l'album suivant, Hooverphonic Presents Jackie Cane, présenté en 2002. En 2003, Sit Down And Listen To Hooverphonic réunit leurs plus belles compositions, enregistrées en version publique et acoustique, avec un quatuor de cordes.
En 2005, le double album No More Sweet Music propose un concept généreux : chacun des onze titres du premier disque est proposé sur le second en version remixée ou alternative. Toujours à cheval entre pop orchestrale et exploration trip-hop, le groupe belge possède un public fidèle mais les ventes déçoivent leur compagnie de disques, Sony. Contraint de changer de label, le trio signe chez l'indépendant PIAS alors que la major sort la compilation Singles 96-06, etraçant une décennie de carrière.
En 2007, Hooverphonic opère à sa manière un virage rétro. C'est en effet la musique des années 1960 qui hante The President of The LSD Golf Club, un album éloigné du trip-hop qui les a fait connaître. Il s'agit du dernier album du groupe avec la voix angélique de la chanteuse Geike Arnaert, qui décide en fin d'année 2008 de voler de ses propres ailes, laissant ces acolytes à la recherche d'une nouvelle voix.
Celle-ci se présente sous sous la forme d'une jeune chanteuse alors inconnue, Noémie Wolfs, qui participe aux trois enregistrements suiviants : The Night Before (2010), Hooverphonic With Orchestra (2012), suivi d'un prolongement en CD et DVD live, puis Reflection (2013). Elle quitte Hooverphonic deux ans après. Alex Callier et Raymond Geerts poursuivent en duo et font appel à divers collaborateurs pour l'album In Wonderland, qui se classe au sommet des ventes en Belgique lors de sa sortie en 2016.
