Né en Virginie en 1963, Mark Oliver Everett est le fils cadet du célèbre scientifique et millionnaire, Hugh Everett III (théoricien des univers parallèles infinis), qu'il retrouve mort d'une crise cardiaque en 1982. Ecolier médiocre et enfant à problèmes, il trouve très tôt un échappatoire dans la musique et dans les disques de sa soeur, notamment ceux de Neil Young. A l'âge de 6 ans, il se met à la batterie avant de découvrir, à l'adolescence, la guitare et le piano. Piètre technicien, il brille plutôt par son sens de l'écriture. Autoproclamé « Mister E » ou « A Man called E » puis, plus simplement, « E », il enregistre sur un vieux 4 pistes analogique le plus de morceaux possible.
Lassé de sa Virginie natale, il fait, comme beaucoup, ses valises pour Los Angeles à 24 ans. Sa carrière débute vraiment en 1991, avec la signature d'un contrat de deux albums pour Polydor, A Man Called E (1992), pour lequel il tourne en première partie de Tori Amos, puis Broken Toy Shop (1993). Sans être un succès commercial, ces albums inaugurent ce qui deviendra le « style » de E, et donc plus tard d'Eels. En 1996, E choisit de s'associer avec le batteur Jonathan « Butch » Norton et le bassiste Tommy Walter pour créer Eels (un nom trouvé afin que les disques du groupe se trouvent à côté des albums solo d'E). Le groupe est le premier contrat du tout nouveau label DreamWorks, propriété de David Geffen et Steven Spielberg. Le single torturé « Novocaine For The Soul » fera connaître le groupe au monde et se hissera pendant plusieurs semaine en tête des charts. Deux ans après la mort de Kurt Cobain, le public est sensible aux paroles dépressives et désabusées de E, à son goût pour l'étrange et le morbide, qui reprend les codes de la pop pour mieux en jouer.
La descente aux enfers (titre d'une chanson de cette période) commence pour E. Sa soeur se suicide et sa mère commence le long combat contre le cancer qui s'achèvera par sa mort en 1998. Dans un album intime et lugubre Mark Oliver Everett déballe tout. Son Electro-Shock Blues, au parfum de salle d'attente d'hôpital, par ses sujets graves et parfois sordides, est d'une beauté toute baudelairienne. Malgré son relatif échec commercial, l'album fait date dans la production musicale américaine de la fin des années 90, souvent considérée comme médiocre. De nombreux frottements avec les directeurs artistiques (« Un artiste sous label n'est pas libre », affirme E) de DreamWorks pousse Eels vers la voie chaotique de l'autoproduction.
Malgré cela, droits obligent, Eels est présent sur la B.O. de plusieurs films de DreamWorks comme American Beauty (1997) ou Shrek 1 (2001) Shrek 2 (2004). Comme par ironie, l'album suivant du groupe (Daisies of the galaxy, qui sort en mars 2000) est plus optimiste et coloré que jamais. Certains morceaux très sixties (« I like birds », « Flyswatter ») rappellent pêle-mêle les Doors, Bob Dylan ou Lou Reed. S'ensuit une tournée avec un orchestre de cordes et cuivres (« The Eels Orchestra 2000 ») et des participations prestigieuses (Lisa Germano, Peter Buck). En 2001, Eels surprend une nouvelle fois avec l'album Souljacker. L'album post-11 Septembre, sur la pochette duquel E pose avec une barbe de taliban, sera cité par le président des Etats-Unis himself comme subversif. D'Eels, il ne reste plus désormais que Butch et E, Tommy ayant été remercié en 2000 et remplacé par Alan Siegel. C'est également la période où le groupe se produit beaucoup et partout, avec parfois des caprices de stars. Au JT de TF1, E explique ainsi avoir renoncé à sa tournée française pour cause de « mauvais trip » (sic). Pourtant, les concerts sans cesse différents marqueront les mémoires : tantôt jazz, polka (!), rock ou classique, les artistes y chantent dans des téléphones, transforment des objets divers en percussion, disent « fuck » pendant le très suivi « David Letterman Show ». A chaque fois, les costumes et les musiciens changent.
L'album suivant (Shootenanny !) sort en 2003 et renoue avec la joie de vivre paradoxale de Daisies Of The Galaxy et ses accents libertaires (« Love Of The Loveless », « Lone Wolf »). En 2005, sort Blinking Lights and Other Revelations, double album généreux rassemblant de vieilles compositions et d'autres plus récentes. L'ensemble est un peu décevant, et manque de cohérence. Mais le son et l'inventivité sont toujours là. Il est à noter que le groupe ne fait alors plus partie du label DreamWorks mais a signé pour Vagrant, la filiale d'Universal. Les raisons de ce départ seraient principalement d'ordre financier.
La dernière production du groupe est un DVD-CD live, enregistré en juin 2006 pendant la tournée Blinking Lights qui propose un concert de Eels entièrement accompagné de cordes et d'instruments classiques. « Love At The Town Hall » mêle accordéons et guitares, scie musicale et saxophone avec brio. En parallèle des albums officiels, le groupe a également produit en 2002 I Am the Messiah, de MC Honky.
Aujourd'hui encore, Eels reste un groupe hétéroclite dans sa production et volontiers inclassable. À chaque nouvel album, son thème et son public. Une démarche qui n'est pas sans rappeler celle de Frank Zappa. En juin 2009 sort Hombre Lobo, teinté de folk, suivi de End Times en janvier 2010 et de Tomorrow Morning en août de la même année. Début 2013 sort Wonderful, Glorious. Dixième album du groupe tiré par le simple « New Alphabet », il résume le savoir-faire de Eels par des chansons pop enjouées, quelques blues saturés et des mélodies folk, marquant l'ouverture des compositions aux autres membres du groupe.
En 2014, The Cautionary Tales of Mark Oliver Everett prend le contre-pied du précédent avec ses chansons intimistes et autobiographiques. Un concert au Royal Albert Hall de Londres filmé le 30 juin 2014 donne lieu à une sortie enCD et DVD au printemps de l'année suivante. Mark Oliver Everett s'associe ensuite à Kool G Murder (basse) et P-Boo (guitare, claviers, batterie)pour l'enregistrement de The Deconstruction (2018), avec un orchestre dédié, The Deconstruction Orchestra & Choir.
